免疫共沉淀（ChIRP）实验原理及应用解析

一、背景介绍

       CHIRP (Chromatin Isolation by RNA Purification)是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白相互作用的方法，可同时分析lncRNA/circRNA 、蛋白及DNA三者互作关系。利用ChIRP-seq技术可用于在全基因范围内定位lncRNA/circRNA的结合位点和可能结合的其他RNA分子，是揭示位于细胞核内lncRNA/circRNA 生物学机制的关键实验手段。该方法是通过设计与目标RNA序列反向互补的生物素探针，把目标RNA拉下来以后，与其共同作用的DNA染色体片段就会附到链霉亲和素磁珠上，最后通过qRT-PCR或测序来测定目的RNA、DNA序列，亦或是通过Western或质谱分析来测定蛋白。

2.技术应用：

可用于细胞体内互作；

可用于RNA、蛋白质和DNA形成的复合体之间的互作，或二者之间的两两互作；

可用于寻找与目的IncRNA结合的蛋白，可不受IncRNA长度的限制；

可用于研究circRNA与蛋白质或DNA之间的互作。 

1.实验步骤：

2.实验流程图：

3.案例展示：
       以一篇已发表的题为“Systematic discovery of Xist RNA binding proteins”的研究为例。图A展示的整个ChIRP-WB或ChIRP-MS实验大致的实验流程；图B阐述的是ChIRP实验中U1探针和U2探针富集到的RNA长度分布，结果显示，input组的RNA大小为150-4000nt不等，而U1探针和U2探针富集的RNA长度为150-200nt，说明U1探针和U2探针能有效地富集样本中的U1和U2；图C是U1、U2、U3的ChIRP-WB实验结果，实验结果证明，U1和U2可与U1A蛋白结合，U3可与FIBRILLARIN蛋白结合。