小鼠细胞STR鉴定的检测问题和结果解释

783 人阅读发布时间：2023-02-27 15:07

小鼠细胞STR鉴定的检测问题及结果解释
自细胞STR鉴定国际标准推出以来，至今已有12年。人源细胞STR鉴定的公开可参比数据已增至8000+，然而小鼠细胞STR可参比数据则很少，目前为84个（截止2023.1）.
STR鉴定关注的细胞质量控点主要有2个：一个是细胞系的身份识别，另一个是细胞系的种类交叉污染。
对于人源细胞系目前有大量的参考STR数据可比对，所以鉴定检测的频率更高。
对于小鼠细胞系，因公布的参考STR数据较少，所以鉴定检测的频率则较低。但是正因此，才需要对更多的小鼠细胞进行STR检测，通过与现有的小鼠STR数据比对，排除被已知STR数据的小鼠细胞污染或错误识别。进行小鼠细胞STR检测既能满足发表文章杂志编辑对STR数据提交的要求，同时得到了相关小鼠细胞的STR数据，便于接受更多的第三方进行评估。
然而在这个过程中，总会有些不规范和不合理的现象及结果会误导大家对小鼠细胞STR鉴定的认识。
在我们进行小鼠细胞STR检测的过程中，对所遇到的不规范不合理现象总结出来，供行业参考以避免不合理的结果解释和认识误区。

目前小鼠细胞STR鉴定的标准位点为18个而非9个。

2019年，ATCC、NIST等单位联合发表了一篇文章：《Interlaboratory study to validate a STR profiling method for intraspecies identification of mouse cell lines》，其中明确了小鼠细胞STR鉴定联合采用1-1、1-2、2-1、3-2、4-2、5-5、6-4、6-7、7-1、8-1、11-2、12-1、13-1、15-3、17-2、18-3、19-2、X-1等18个STR位点。并公布了相关小鼠细胞的18个STR位点数据。目前cellosaurus数据库提供的小鼠细胞STR参考数据都是基于18个小鼠STR位点的。由此可见小鼠细胞STR鉴定的标准位点是18个，对于采用9个小鼠STR位点进行的检测，其匹配准确度自然大打折扣。
小鼠细胞STR鉴定的检测问题和结果解释

国际标准：18个小鼠STR位点业内出现的检测标准：9个STR位点

二、对于没有公布STR参考数据的小鼠细胞，检测结果却是100%匹配结果的讨论

一般进行细胞STR数据比对时，都是以国际公布的STR数据库进行盲比，根据匹配度高低反应该细胞的真实身份。尤其对于小鼠细胞，因公布的参比数据有限，可能很多小鼠细胞STR数据与数据库比对后没有80%（参考人源细胞的认定标准）以上的结果。而对于数据库都没有提供STR数据库的细胞，匹配度也达到100%的情况，可能的解释只有企业自身有某个细胞，先行检测了该细胞STR数据后并作为标准依据,而不是与国际标准细胞库的数据进行比对的匹配结果。但需要注意的是，该标准数据应首先与目前国际公布的数据进行盲比以排除该细胞没有被已知细胞污染。在此前提下，该数据暂可作为企业内部质控的评估依据。但以此作为认定依据时，需谨慎。附图说明：1、MLE-12细胞，国际的标准STR数据库未见该细胞的STR数据。2、检测结果提示检测细胞与MLE-12细胞的匹配度为100%，但备注的说法又与细胞库描述的MLE-12细胞的背景信息不符。
小鼠细胞STR鉴定的检测问题和结果解释

三、对于小鼠细胞STR分型结果的解释

STR分型结果反映的是该基因位点的核心重复序列的重复次数，所以结果是形如“12,13”的形式。在实际检测过程中，因为有等位基因标准品ladder，分析后可直接得到”12,13”等分型结果。也正因有等位基因标准品ladder作为参照,才可以确保同一样本不同时间，不同人员，不同仪器操作时，都可检出重复结果。如果没有等位基因标准品ladder，检测分析时首先得到的是该STR基因位点的片段长度值（如：233.89），通过片段长度值及该位点的重复碱基数推算出“12,13”的分型结果。但此种缺乏标准品ladder的分析，因每次电泳的长度值存在偏离，存在分型错误的风险。如图所示：
小鼠细胞STR鉴定的检测问题和结果解释

有等位基因ladder标准品的小鼠STR检测图谱如下：

资料格式：

小鼠细胞STR鉴定的检测问题及误区.pdf

查看详细文档

细胞鉴定的误区

我的询价

华科鉴联基因科技（北京）有限公司