Nature Protocols 发表 | 针对嗜酸性粒细胞给出解决方案！

52 人阅读发布时间：2024-07-31 10:39

近日，瑞士苏黎世大学Isabelle C. Arnold团队和 Andreas E. Moor团队在《Nature Protocols》发文，通过整合磁珠富集法（MACS）和基于微孔法（Microwell）的单细胞RNA捕获技术（BD Rhapsody），该论文开发了一种无胁迫（stress-free）的ScRNA-Seq方法，该方法能够显著减小组织处理过程和基于微流控方法富集等过程产生的胁迫应激力（shear stress），缩短样本处理时间，从组织驻留的嗜酸性粒细胞和其他粒细胞中获得高质量的转录组图谱。

研究团队比较了几种嗜酸性粒细胞分离和RNA捕获的策略，结果表明无胁迫的Mircowell技术（BD Rhapsody）更适合嗜酸性粒细胞的捕获，具有最小的Shear Sress，最终捕获高质量的RNA（RIN值>7）。而基于微流控技术（Droplet）的单细胞捕获策略Shear Sress较高，RIN值较低，造成捕获细胞偏少。

Microwell微孔法捕获原理（引自BD Rhapsody）

主要研究方法与结果

研究者通过富集特殊基因型小鼠（IL5-tg）结肠、小肠、胃、子宫、肺、脂肪组织、脾脏、骨髓和血液中的嗜酸性粒细胞，进行单细胞捕获测序实验和下游数据分析。（详细实验步骤参考原文）

经过测序、数据预处理和质量过滤，得到小鼠的单细胞测序数据集。其中包含80%的嗜酸性粒细胞，剩下20%的细胞类型主要属于髓系和上皮细胞谱系。细胞类型注释根据嗜酸性粒细胞的典型Marker基因 Siglecf、IL5ra、Ccr3和Epx进行注释。结果与预测相符，揭示了在稳态和炎症过程中具有特定作用的不同的小鼠嗜酸性粒细胞亚群。

更多研究详细信息参见原文

烈冰NovelCyto单细胞捕获方案有效应对粒细胞

结合烈冰既往测序服务经验和文章发表情况，基于Microwell的微孔法技术依靠细胞在微孔中的重力沉降作用，捕获过程比较温和，无需其他通电加压等强刺激操作，对此类敏感脆弱的细胞损伤可能较小，对实验前处理操作要求的包容性也相对更高，更适合此类特殊细胞的研究。

NovelCyto 是烈冰生物基于自主研发提供的全国产微孔法单细胞完整服务方案。烈冰自研硬件设备、捕获磁珠、捕获芯片、分子标签试剂。本方案采用微孔法捕获细胞技术，可有效获得嗜酸性粒细胞、中性粒细胞等特殊细胞。