新一代测序在miRNA研究中的优势
新一代测序(next generation sequencing，NGS)技术可同时对不同的由DNA或RNA而来的模板序列进行并行解读，一次性获取大量的、不同的序列信息，并能反映出这些不同的模板的相对数量。这一技术的出现，极大地促进了miRNA的研究。对包含小RNA的总RNA或已分离出的小RNA进行测序，可以一次获得数百万条microRNA序列，能够快速鉴定出不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下已知和未知的micoRNA及其表达差异，为研究microRNA对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力工具。
miRNA-seq的一般步骤是：总RNA或已分离出的小RNA依次连接3’和5’接头,反转录后进行PCR扩增，选择合适大小的扩增后片段（这一步很关键），对选出的片段定量后进行簇生成和上机测序。
在miRNA研究领域，与传统的RT-PCR技术、Northern Blot 技术及微阵列芯片技术相比, 新一代测序具有显著的优势。主要表现在：
1） 检测通量比Sanger测序大大增加，不需克隆步骤，显著增加了新miRNA的检出速度；
2） 应用范围广。除检测miRNA表达谱、发现新的miRNA之外，新一代测序技术在miRNA 互补链、miRNA编辑、miRNA异构体检测及miRNA靶基因检测等方面已得到应用；
3） 检测灵敏度高。理论上可以检测单个细胞中一个拷贝的microRNA；
4） 检测精度高。可以检测microRNA单个碱基的差异，能准确区分具有类似序列的不同的 miRNA；
5） 不受制于已有信息，既能鉴定已知microRNA，又有能力发现新的microRNA；
6）测序文库构建过程保留了定向信息，用于链特异的表达分析；也有助于分析；
7） 可以利用Barcode在单次运行中经济地分析多个样品。加上所需读长较短，测序成本较低。
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