导读

以往研究人员进行信号通路基因表达研究时,需查阅海量文献确定相关基因,并耗费大量时间进行引物设计、PCR预实验以及实验后期数据分析整理工作,而且,在实验过程中往往会碰到诸如扩增结果不理想等问题而大大拖延实验的进度。如今研究人员可以解放了,欧易生物可以帮您在短时间内完成上述工作。而这一切,基于我们技术人员丰富的操作经验和分析能力,以及PCR array这一权威产品。

让Gene表达分析更容易

欧易和客户一起,根据研究内容确定所要研究的样本种属和信号通路后,下单订购所需的PCR array产品型号,只需向我们提交质量合格的实验样本,即可得到精确可靠的实验数据,避免不断进行实验摸索所耗费的时间和精力。

 

想象一下,就是这么简单,给您的科研工作一个小小的“假期”,一切实验结果皆可唾手可得。实验结束后您亦可与欧易的研究人员共同讨论分析您的实验结果,不断扩展您的实验思路。
 

细胞信号通路与基因功能研究利器

PCR array亦被称为功能分类芯片或PCR列阵,它结合了实时定量PCR技术灵敏可靠的优势以及微阵列技术同时检测多种基因表达量的优势,是分析信号通路或某生物学功能相关基因表达状态的首选工具。PCR array使用荧光定量PCR的方法,原理简单,全部引物经过实验验证,结果可靠,兼容性好。在一张96孔或384孔板上可同时对某个信号通路或某生物学功能相关的84个或372个重要基因的表达量变化进行检测(其余为对照样本孔)。采用PCR array可一次性对某种疾病、信号通路或生物学过程相关的多个基因的表达进行定量分析。

 

其应用领域十分广泛,主要有肿瘤、免疫、发育、代谢、干细胞、细胞生物学、细胞信号通路、心血管疾病、miRNA靶基因等。可用于检测的物种主要是人类(Homo sapiens),小鼠(Mus musculus),大鼠(Rattus norvegicus)和恒河猴(Rhesus macaque),其他物种可进行订制。

 

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看欧易如何玩转PCR array

欧易采用Qiagen公司RT2 Profiler qPCR Array System,免除引物设计合成和PCR条件的摸索过程;客户无需检索文献或前期实验验证,可直接了解某信号通路或某疾病中重要的基因。

 

欧易每年处理一万余种动植组织、细胞、血液等常规样本,对唾液、毛发、皮肤、尿液等特殊样品也有丰富的经验。经样本RNA抽提标准化操作,NanoDrop质检合格后进行后续实验。

 

欧易采用Roche LightCycler480 Ⅱ 荧光定量PCR仪,并对其程序进行优化,拥有丰富qPCR实验操作经验,数据准确可靠。通过在线分析,获得的数据分析表格、图片清晰明了,可直接用于文章发表。

 

      

 

图1.1 实验技术服务流程图

 

 

1.RNA样本抽提:客户提供50-100mg新鲜组织/105-106的细胞样本/500μL血液进行RNA抽提;
2.RNA样本质检:利用NanoDrop进行吸光度值纯度检测以及电泳检测RNA完整性;
3.PCR芯片检测: RNA样本反转录为cDNA,配置PCR反应体系进行Real-Time PCR反应;
4.PCR芯片数据分析: 利用QIAGEN配套分析软件RT2 Profiler PCR Array Data Analysis 进行数据分析,提交实验报告。

 

实验结果展示

 

 

图1.2 EXCEL原始数据

 

说明:对原始数据Ct值进行分析,获得2-△△Ct值,Fold Change,p value等数据,以EXCEL数据表形式提供。

 

 

                                  

                             

                                     图1.3扩增曲线图                                                                         图1.4熔解曲线图

 

说明:扩增产物的荧光信号进行如指数增长期所经历的循环数即            说明:升温到达某一温度(Tm值)时,扩增产物大量解链,每种PCR产物

Ct值,样本基因的Ct值与起始拷贝数的对数存在线性关系。                    特异性不同获得不同的Tm值。

 

 

                             

                                            图1.5Heat map                                                                            图1.6散点图

 

说明:色阶表示基因表达量从低(绿)到相对高(红)的变化。             说明:每个数据点在二维平面中的坐标由该基因在两组数据中的表达值确定。

 

技术比较及联合应用

在基因表达研究中,如果研究者关注的是某一信号通路或者生物学功能相关的一系列重要基因的表达量变化,PCR array无疑是最佳的选择。一方面省去了检索和阅读大量文献的工作,即可对关注的基因进行通量检测,又省去了后续的验证,大大节省了研究时间。除了PCR array技术之外,比较常用的基因表达检测技术还有表达谱芯片、转录组测序和qPCR检测。这些技术都有各自适用的研究情况。

 

相比于PCR array技术,表达谱芯片和转录组测序的检测通量更高,可以实现全基因组水平的检测。因此,针对一些没有候选通路或者基因的研究,如果想看看不同表型或者疾病类型间,有哪些基因发生了基因表达的变化,可以采用表达谱芯片和转录组测序的方法进行检测。针对一些常见的研究物

 

种,一般采用表达谱芯片技术即可。但是如果除了看差异之外,还想了解一下基因结构变化或者基因可变剪切的变化,或者对那些表达丰度比较低的基因,可以考虑采用转录组测序的技术。而这两项技术进行基因筛选后,都需要经过验证。如果关注的基因比 较多,这个时候可以考虑结合定制PCR array技术进行相应的研究,可以实现批量基因的验证。当然,如果后续关注的基因数量较少,也可以采用qPCR的技术进行验证。欧易生物具有 Agilent和Affymetrix两大主流基因芯片检测平台,同时提供基于illumina平台的转录组测序技术,可以为广大科研工作者提供相应的基 因检测服务。

 

如果研究者关注的是几个特定的基因,qPCR技术是大家会普遍采用的。 qPCR技术虽然比较成熟,但是在实际研究中也有许多需要注意的事项,比如内参的选择是否合适,体系的优化以及引物设计等等,都会对实验结果有很大的影响。欧易生物在定量检测上具有非常丰富的经验,已经成功进行过上万份样品的qPCR检测。

 

以上技术更多详情请点击欧易官方网站:

http://www.oebiotech.com/index.php?s=/Index/detail/id/3.html

了解PCR array —— 你问我答

找欧易进行PCR array,想了解更多细节:样本准备多少?该如何提供样本?

 

PCR array的基因是如何设计的?PCR array中的对照样本是怎样的?

 

多长时间可以获得实验结果?

 

思考越多,问题越多,快来提出您的Questions!

 

 

关于样本提供:

 

Q: 需要提供多少RNA进行PCR array?

A: 推荐的RNA 的用量是每块96 孔板上一个样本1000ng 左右的总RNA;每块384 孔板(4*96)上一个样本400ng 左右的总RNA。

 

Q: 若RNA的起始量小于1μg怎么办?

A: 假如RNA量不够,起始总RNA样品量最少可以减至400ng,不过需通过RNA的质量检测;我们会使用相同起始量的RNA进行cDNA合成及后续实验,以保证各组实验结果间的可比性。

 

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关于PCR array的设计:

 

Q: PCR array 上的基因是怎么选择的?

A: PCR arrays 上基因的选择至关重要。这些被选中的基因并不仅仅是简单的包括某个信号通路中的所有基因,所选基因必须对于相应的信号转导途径相当重要,并且是在mRNA 水平上调控的。Qiagen的研发人员及生物信息学科学家通过阅读已发表文献或多个数据库来筛选相关的基因,然后再用文本发掘的方法进行校对,同时研发部门做了大量实验来证明所选基因的相关性,并与学术界的权威密切合作,所选的基因都经过了他们的认可。

 

Q:PCR array的引物有何特点?

A:通过计算机分析和实验验证,引物达到以下要求:
特异性:通过BLAST等比对方法,检测确认引物在相应物种(人,小鼠或大鼠)全基因组中的高度特异性,有效避免非特异性产物产生。并通过实验证明引物不会扩增E.coli基因组,后者是Taq DNA多聚酶的常见污染源。
均一性:所使用的引物的CG含量,解链温度(Tm),以及其他一些化学的和物理的特性都相似,以保证在相同的PCR条件(尤其是相同退火温度)下,芯片中的不同的基因都能扩增出特异性产物。
扩增效率:引物扩增的片段大小均在100到200bp左右,确保在相同的反应时间内,不同的基因均能扩增出完整片段;并增强引物3’端的铆定能力,减少引物二聚体和非特异性退火的发生。

 

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关于欧易的PCR array 服务:

 

Q:关于PCR array的服务价格?

A:请您来电/邮件告知我们您的样本数量,种属以及计划采用的芯片型号(研究方向),您所在区域的销售人员会为您提供详细的报价服务。

 

Q:你们如何对PCR array的实验结果进行质量保证?

A:PCR array 实验所需要的每条引物,每个plate的制作都经过Qiagen的严格质检;欧易实验人员全部拥有丰富的分子生物学操作经验,对实验要求的每个操作步骤,每个反应条件均符合标准操作流程。

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PCR array 与SCI文章

 

PCR array在全球的生物学科研实验室被广泛应用,其中包括:辉瑞,罗氏, 礼来,诺华,拜耳,Harvard,Yale,Stanford 等;研究人员已发表上万篇参考文献,包括Nature、Science、PNAS 等高水平杂志,列举如下六篇供大家参考。

 

 

 

 

 

 


研究案例1:细胞凋亡通路中基因表达变化                                           研究案例2:缺氧通路和造血干细胞的基因表达研究

Stroma-dependent apoptosis in clonal hematopoietic precursors            The Distinct Metabolic Profile of Hematopoietic Stem Cells Reflects Their

correlates with expression of PYCARD.                                                    Location in a Hypoxic Niche.

Blood. 2009 Jan 15;113(3):649-58.                                                          Cell Stem Cell. 2010 Sep 3;7(3):380-90.

 

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研究案例3:干扰素相关基因表达研究                                                   研究案例4:中风与Toll样受体信号通路基因表达研究

STAT2 Mediates Innate Immunity to Dengue Virus in the Absence           Identification of TLR downstream pathways in stroke patients.

of STAT1 via the Type I Interferon Receptor.                                            Clin Biochem. 2013 Aug;46(12):1058-64.

PLoS Pathog. 2011 Feb;7(2):e1001297.                                                 

 

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研究案例5: 乳腺癌细胞中miRNA的表达研究                                       研究案例6:miRNA PCR array在黑素瘤biomarker研究中的应用

An induction of microRNA, miR-7 through estrogen treatment in              Signatures of microRNAs and selected microRNA target genes in human

breast carcinoma.                                                                                     melanoma. Cancer Res. May 2010; 70: 4163 - 4173.

Journal of Translational Medicine 2012, 10(Suppl 1):S2.

 

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PCR Array限时特惠

PCR Array 384孔板 限时特惠(即日起至2014年12月20日)
 

 

规格:4×96孔板 3600元/样,4个样起做。


 

欧易生物咨询服务热线:4006-4008-26

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结语

PCR array 结合了qPCR灵敏性、特异性和芯片高通量的特点,大大缩短了实验周期,是研究通路特异性基因表达水平的理想方法。根据研究方向选择合适的芯片产品后,即可开展PCR array实验,无需实验摸索,短时间内完成实验操作。在科研工作中,您不再是孤军作战,欧易会与您一起,让研究变得更容易!

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