师姐教你制作图谱

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做克隆最怕什么?载体选好了,引物设计好了,结果在SnapGene里模拟克隆时阅读框错了,白忙两周。今天淼灵小课堂的师姐手把手演示,如何用SnapGene把目的基因“装”进载体,并检查阅读框,一次学会。

第一步:准备载体和基因文件。载体骨架可以从实验室共享文件夹或SnapGene官网下载,打开后看到环状图谱。目的基因的CDS序列复制粘贴成新文件,命名如EGFP_CDS。先找多克隆位点(MCS),浅灰色背景区域,里面排列着各种酶切位点。

第二步:模拟双酶切。以EcoRI和XbaI为例,按住Shift依次单击两个位点,点击Actions → Restriction Cloning → Insert Fragment,选择目的基因文件,两端分别选择EcoRI和XbaI,点击Clone。SnapGene自动生成重组质粒。如果方向反了,勾选Reverse orientation重新克隆。

第三步:检查阅读框,这一步绝对不能省。DNA每三个碱基编码一个氨基酸,目的基因和标签之间的碱基数必须是3的倍数,否则移码,蛋白全错。切换到Sequence视图,找到连接处,看起始密码子ATG是否落在框的开头。更简单的方法:Tools → Find Open Reading Frames,自动标注所有阅读框。如果阅读框错了,要么重新设计引物,要么重新选位点或用无缝克隆。

第四步:保存和输出。确认无误后,File → Save As保存重组质粒。导出引物:Primers → Add Primer,或File → Export → Primers。

总结:SnapGene模拟克隆三步——打开载体和基因文件、选酶切位点、点击Clone,然后务必检查阅读框。下一期讲如何根据图谱设计引物序列。需要载体或克隆服务,欢迎咨询淼灵生物。