最近国自然申报季,申请人们都开始陆陆续续开始着手准备,但是很多却在分子调控轴选择这里犯了难,今天小V给大家举一个典型的例子分析一下: 目前已经明确B蛋白调控C通路,那么该如何选择上游调控分子A呢?
这个可以说是大部分科研工作者面临的最常见的困惑。因为A-B调控轴的寻找对国自然科学假说的搭建至关重要,小V就给大家大概的逻辑阐述:
01 第一步:分子B表达差异的调控层次确定 对于医学科研来讲,我们一般通过筛选疾病发生前后表达有差异的分子,作为研究对象。大致方法如下:
知道了分子B表达差异的发生场所,这样你才能够进一步判断具体的调控机制。
02 第二步:分子B的具体调控机制(mechanism)的确定 这里的调控机制,可以这么来思考,蛋白B的功能异常一定和表达丰度有关吗?是否和亚细胞分布有关?是否和某个氨基酸残基的修饰有关? 所以,我们有必要把科学问题提升到“分子B的具体调控机制”的高度。 目前我们遇到的问题一般就是“B分子的上调或者下调”,那什么样的机制能引起B分子的上下调呢?小V就用表格的形式总结一下可能得机制情况:
咱们前面说的,确定调控层次后,就可以根据“上调、下调”“活性上升、下降”等趋势,来选择相应的调控机制,结合数据库预测,做生信分析,或者做个RNA-pulldown、CO-IP做下质谱测序等,寻找潜在的调控机制。
03 第三步:分子B机制调控的工具分子A的确定 已经知道了分子B调控机制,因此对于上游分子A的筛选范围已经非常明朗。 1首先,可以基于DNA序列、RNA序列或者蛋白质序列等,进行数据库预测上游靶分子。 2再根据测序数据(转录组、蛋白组、单细胞测序),寻找相关功能蛋白分子集,和目标基因表达相关性有关的潜力分子A。 3上述两步筛选出来的目标分子A,就要进行表达水平检测,功能实验验证了,从而证明A能直接调控B的表达和后续功能。
最后提醒大家,目前距离国自然申报已经不到3个月时间了,时间越来越紧了,还没有准备的朋友一定要抓紧时间了!
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