自主发力!全基因组脱靶基因检测技术助力基因编辑研究要闻速递 2022年2月28日,美国专利商标局(USPTO)做出裁定:张锋所在的博德研究所团队拥有在真核细胞中使用CRISPR基因编辑工具的专利。这一裁定,使得长达数年的围绕CRISPR的专利之争,暂时尘埃落定。 CRISPR自问世之后的十年里,围绕它的话题热度不减,并且在基因敲除、基因敲入、基因抑制和激活、多重编辑、功能基因组筛选等领域都有着卓越的成果。 目前,随着CRISPR/Cas系统越来越多的研究以及开发,它们的广泛应用一直受到脱靶效应的阻碍,脱靶现象的存在很大程度上阻碍了CRISPR技术在生产实践中的应用,该现象可能会给宿主生物带来严重的问题。脱靶可导致染色体重排,导致不完全匹配的基因组位点受损,限制了基因编辑在治疗中的应用。
虽然已有不同的方法检测CRISPR脱靶效应,但这些方法在实际应用中存在各种限制。为此,科研人员正在努力减少CRISPR/Cas9的脱靶效应,保证CRISPR/Cas系统的更高准确性[1]。因此,如何更好地了解、控制可能产生的脱靶效应是目前基因编辑的研究热点。
新型基因编辑工具的不断涌现,客观上也要求鉴定靶向和脱靶位点突变的分析工具不断发展,以满足编辑效率监测的需求,推动基因编辑技术在临床疗法开发领域的落地。
随着测序技术的不断提升和测序成本的迅速下降,全基因组测序(WGS)被认为将取代扩增子测序成为基因编辑监测主流工具,为此,华大科技依托华大自主DNBSEQ™测序及自主开发的脱靶检测分析软件CRISPR-Detector[2]推出了全基因组脱靶基因检测技术。
全基因组脱靶基因检测技术可全面检测到基因编辑导致的单核苷酸突变(SNV)、插入缺失变异(Indels)、染色体重排、拷贝数变异(CNV)和结构变异(SV)。除此之外,该技术不仅可以检测到常规基因编辑和Prime editing导致的sgRNA依赖型脱靶,更关键的是它还能检测到Base editing导致的sgRNA非依赖型脱靶。 图1 CRISPR-Detector流程图
全基因组脱靶基因检测服务优势 定位精确:兼具DNBSEQ™平台测序的所有优势,结合华大自主开发CRISPR-Detector软件,可以在全基因组范围内对编辑位点和脱靶位点,进行精确的定位分析; 分析全面:全面分析每一个变异位点; 经验丰富:大人群、大队列项目经验丰富,目前DNBSEQ™平台已累计发表相关文章120+篇; 一站式全流程服务:从样本到结果,提供切实可行的全流程服务; 专业团队:博士级别专业团队支持。
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参考文献: [1] Manghwar H, et al. CRISPR/Cas Systems in Genome Editing: Methodologies and Tools for sgRNA Design, Off-Target Evaluation, and Strategies to Mitigate Off-Target Effects. Adv Sci (Weinh). 2020 Feb. [2] Lei Huang, et al. CRISPR-Detector: Fast and Accurate Detection, Visualization, and Annotation of Genome Wide Mutations Induced by Gene Editing Events. bioRxiv. 2022 Feb.
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