大家都在搜
您在研究一个基因时,应该首先了解这个基因的研究进展,如: 该基因是否是个与癌症相关的基因; 它在各种细胞系或者组织中的表达情况; 它的产物能与哪些蛋白质相互作用; 参与了哪些细胞通路等。 您可以通过查阅相关文献、数据库或者网站获取需要的信息。下面我们给大家介绍一个可以快速获取目的基因全面信息的网站—— GeneCards。 GeneCards是人类基因的综合数据库,收集整理了超过100个网站的数据,提供简明的基因组,蛋白质组,转录,遗传和功能上所有已知和预测的人类基因信息。 GeneCards中的信息功能信息包括指向疾病的关系,突变和多态性,基因表达,基因功能,途径,蛋白质与蛋白质相互作用,相关的药物及化合物和切割等先进的研究抗体的试剂和工具等,重组蛋白,克隆,表达分析和RNAi试剂等。 我们以CD4蛋白为例,给大家演示一下这个数据库的常用和实用功能。 首先, 进入GeneCards主页(www.genecards.org),在“搜索框”输入您的基因/蛋白名称:“CD4”(如图1红色框),或者您可以选择输入的类型(如图1绿色框),点击搜索,出现图2界面。 图1. GeneCards网站主页 CD4的搜索界面出现以CD4为关键词的很多条相关结果,第一个便是我们想要查询的CD4基因(见图2红色框),点击进入CD4详细的基因信息页面(见图3)。 注:如果有些基因/蛋白搜索出来的界面里并没有相同的名称,可能您输入的是该基因的别名,仍然可以点击第一个词条链接进入查阅。因为使用genecards搜索任意一个名字,出现在结果列表的第一个往往是您想要的那个目的基因,可以说是匹配率非常高的数据库了。当然如果您研究的目的基因并没有收录进GeneCards,那就只能换个数据库了。 图2. CD4搜索界面 下面我们来一一讲解如何查看CD4的信息。 1. 基因名称信息:为科学领域普遍默认的CD4的名称缩写和全称(如图3红色框所示)。同时该网站还收录了很多其他网站(HGNC, NCBI, Uniprot, Ensembl...)的基因/蛋白名称(别名)(见图3黄色框),您可以点击对应名称右上角的数字链接,便可进入相应的网站。 确认了基因名称后,可以点击“Jump to section”栏(图3绿色框)中相关的信息词条链接,可以进行快速查阅。 图3. CD4基因信息页面 2. 概要信息:该网站把各种网站(Entrez Gene, GeneCards, UniprotKB/Swiss-Prot...)的CD4概要信息放在一起,供研究者对比查看,见图4。 图4. CD4概要信息页面 3. 基因组信息:CD4的基因组信息(见图5),还收录了基因调控信息(红色框)。有些基因的表观信息等也会在此收录。 图5. CD4基因组信息 4. 蛋白质信息:如图6,蛋白质信息包括CD4蛋白的氨基酸数量、分子量大小,还收录了蛋白质翻译后修饰信息,如磷酸化、糖基化、泛素化等。同时还收录了各种大品牌的CD4抗体,蛋白和分析试剂盒的产品链接。 我们biorbyt的CD4的20个抗体产品也被收录,见图6红色框。点击相关货号链接可以打开对应的CD4抗体产品信息链接,见图6黄色框。 图6. CD4蛋白质信息 5. 结构域和功能信息:如图7所示,GeneCards列出CD4蛋白结构域信息,以及建议的CD4抗原序列信息。在功能信息栏里收录了基因的GO信息、表型信息、动物模型、miRNA产物信息、Inhib. RNA产物信息和细胞系信息等。 图7. 结构域和功能信息 6. 亚细胞定位信息:如图8所示,GeneCards提供CD4表达的亚细胞定位信息,以及预测CD4在各种细胞位置或者细胞器(细胞质膜、细胞质、细胞外、细胞核、内质网...)的表达占比,可用于免疫定位实验如免疫组化,免疫荧光参考。从以下截图可以看出CD4主要在细胞质膜和内质网表达。 图8. 亚细胞定位信息 7. 通路和相互作用信息:该网站收录了CD4相关的很多信号通路和蛋白互作信息,如图9所示的HIV life cycle, TGF-beta pathway, PEDF induced signaling, Translocation of ZAP-70 to immunological synapse 和T cell receptor signaling pathway. 点击您所感兴趣的信号通路,便可以进入详细信息页面。 图9. 通路和相互作用信息 8. 组份和药物信息:如图10所示该网站收录了基因/蛋白相关的药物产品信息和链接,信息来源于各大药物数据库网站如DrugBank, ClinicalTrials, Apexbio, DGldb 和 Novoseek。 图10. 组份和药物信息 9. 转录本信息:如图11该网站提供基因十分完善的转录本信息,还有相关的CRISPR, miRNA, Inhibitory RNA 和Clone产品链接供选择。 图11. 转录本信息 10. 基因和蛋白表达信息:该网站提供了全面的基因(mRNA)和蛋白(protein)表达信息,包括在各种组织,各种细胞系的表达水平。如下图所示CD4蛋白主要在淋巴结,淋巴细胞,外周血单核细胞和CD4 T细胞高表达,这些组织细胞可用作阳性对照。 图12. 基因和蛋白表达信息 11. 同源性信息:该网站收录了包括直系同源和旁系同源信息。 图13. 同源性信息 12. 其他信息:该网站还收录了基因其他信息如变异信息,相关疾病信息,相关文献信息,相关商业产品信息(厂商的产品名称和链接)。 图14. 其他信息 最后GeneCards还将所有相关数据库进行汇总(如图15),您知道的绝大多数数据库均有整合,如HGNC, EntrezGene, Swiss-Prot, pubMed, Atlas等,点击可以随时跨平台搜索,信息全面并且高速高效。 图15. 收录数据库链接汇总 GeneCards可以说是基因的百科全书,对于生物领域的各个研究方向的研究者而言都是非常高效、直接和全面了解基因信息的靠谱帮手。如果您还有任何需要了解和探讨的,有关基因信息查询方面的疑问或经验,欢迎随时与我们biorbyt探讨和分享。 |