跟随鉴定样本，一览它的神秘旅程

分子间互作尤其是蛋白-蛋白互作（PPI）始终是深入探究细胞信号通路的重难点。利用LC-MS/MS蛋白鉴定技术对IP、co-IP、pull-down等纯化溶液样本进行蛋白鉴定，得到与目标蛋白相互作用的一系列蛋白质再通过后续检测方法验证目标蛋白的互作蛋白是目前最行之有效的策略之一。

通过IP、co-IP、pull-down技术提取目标蛋白后，经WB技术验证蛋白是否真的对目标蛋白成功提取、富集，而后对目标蛋白进行酶切（溶液酶切或胶内酶切），酶切后将肽段过C18柱脱盐处理，最后，肽段经LC-MS/MS得出质谱图，与相应的数据库比对，得到样本肽段信息和蛋白信息，分析数据得出与靶蛋白相互作用的蛋白信息。这就是咱们鉴定样本送来之后的蜕变路线咯~

小伙伴儿都想要自己的样本有一个“完美蜕变”，那么请注意，样本收集的质量在本质上对结果起到了很大影响，因此请大家在收集样本时一定千万仔细~O(∩_∩)O~

IP / Co-IP / Pull-down样本蛋白洗脱液要求蛋白总量＞5μg，蛋白溶液进行SDS－PAGE电泳，建议下方两种电泳方式任选其一即可：

蛋白洗脱液，跑分离胶2~5cm（不含浓缩胶的SDS－PAGE），切下目的条带或胶条，放入1.5ml离心管中。

蛋白洗脱液，跑SDS－PAGE标准的胶，切下目标条带即可，放入1.5ml离心管中。

未做变性的溶液干冰寄送；胶条需4℃保存，常温或冰袋寄送（切勿冻存）。

01色谱图

 

02结果统计

表注：鉴定基本信息统计

第一列为样品编号；

第二列是鉴定谱图数，即与肽段匹配的离子得分大于鉴定阈值的谱图的个数，方括号中的数字代表鉴定谱图数占谱图总数的比例；

第三列是鉴定肽段数，即与鉴定谱图所对应的肽段去重复之后的个数；

第四列是鉴定蛋白数，即与鉴定肽段所对应的蛋白个数，这些蛋白拥有至少一个独有的鉴定肽段。

产生的质谱原始文件采用Thermo公司的配套商用软件用软件Maxquant进行查库鉴定及定量分析。

10个工作日的蜕变过程，敬请期待 ~(*^▽^*)