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PCR 引物不用愁,一个网站全搞定
2018-02-08 16:25   来源: 丁香园  点击次数: 关键词: PCR qPCR 引物设计

还在为设计 PCR or qPCR 引物耗损脑细胞吗?


还在为 P 不出条带而不断摸索条件费时费力吗?


还在为 P 出了条带,but,有 N 条条带而纠结痛苦吗?


下面,笔者将介绍一个神奇的网站,只有输入你想研究的基因名,就能找到合适的引物。


PrimerBank


PrimerBank 是一个 PCR 引物的公共数据库。 其引物可以用于 PCR 或 qPCR,共包含超过 306 800 个引物,涵盖大多数已知的人和小鼠基因。


有几种方法可以搜索 PrimerBank 上的引物:GenBank 登录号,NCBI 蛋白质登录号,NCBI 基因 ID,Gene Symbol,PrimerBank ID 或 Keyword。


下面将以 GAPDH 举例说明怎么利用 PrimerBank 来查找引物:


1


打开网站主界面



2


在 search for PCR primer 的 Search by 下拉菜单中选择想通过所查基因的什么信息来查找引物,一般知道基因名称的话,选择 NCBI gene symbol(如果不知道所查基因的基因名是否为 gene symbol,则选 Keyword。例如大家熟知的 β-acting,其 gene symbol,也就是官方大名其实是叫 ACTB);


Species 中选择物种 human or mouse;


For text 中填入想查基因的 gene symbol;


之后,Submit



可以看到针对 GAPDH 的不同对引物,具体序列,长度,Tm 值以及在其 cDNA 上位置等一些列信息



点击「Click here for cDNA and amplicon sequence」,可以得到这对引物扩增的片段序列及位置:



红色标记为上下游引物,蓝色标记为引物之间的扩增序列:


超级方便有木有,大家快去试试吧~引物作为荧光定量 PCR 能否成功的关键因素,设计非常重要,如果引物设计时间来不及的话,不妨试一下 PCR 引物设计服务,详情可扫描二维码或点击阅读原文查看。

编辑: littleadvance

 

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