这种出版模式的其中一个关键因素就是相对低的退稿率。Plos One 出版其收到的 65%~70% 的投稿。最终经同行评审后浪费的(没有基金支持的)也就是没有被接收的稿件保持在最小限度。这可能只是因为 mega journal 质量控制的特定方法,也许是它们最受争议的一点。支持者称之为「客观的同行评审」,而怀疑论者则称其为「精简的同行评审」。文章的评估仅基于其「科学性」,而论文的新颖性、重要性或者对某一特殊群体是否有意义完全不考虑。而这些比较主观的判断(如一些人所看到的)完全没有用以决定论文接收与否。简言之,接收与否取决于论文是否有良好的科学性。
「Plos One 和其他期刊在同行评审这方面仅仅在范围上有所不同,而不是严格程度」。许多人对此有异议。有人认为,Plos 系列杂志要求在上传论文的同时,必须将数据保存来确保文章质量。尽管有一些异议,但是确实可以更准确地评估科学的结果,并在必要的时候,可以重复。也有很多人认为,通过发表那些无重大成果和重复性研究,且被其它注重新颖性的期刊所拒稿的论文,优秀的科学事实上有所增强。
而且,「只看重科学性」的同行评议导向,代表着科学民主化备受欢迎。文章发表与否--重要性和新颖性的决定权从一些坚持陈旧范式的老人(通常是男人)的手中到整个科学界。但是有些人不认可这种说法,他们认为丢掉传统的同行评审标准,尽管会缩短他们的论文发表周期,但是 mega journal 正在丢弃科研人员信赖的评审和筛选机制。在他们看来,mega journal 简单的说只是降低了准入门槛。
然而,mega journal 也许完全无法与传统期刊竞争,事实上,mega journal 与拒稿率高的期刊是共生关系。mega journal 一直被称为「摇钱树」。表面上,它们能为出版商创造效益,甚至是规模经济。这就意味着 mega journal 能为其他退稿率较高的期刊在出版商内部提供财政补贴,实现以刊养刊。它们甚至可能解决开放获取的出版模式中最大难题之一:如何以收取文章处理费的商业模式来支持高拒稿率高影响力的期刊。高影响力的期刊拒稿比接受的文章更多,但是仅从接受的论文中得到收入。在一个出版的分层模型中,高影响力的期刊获得了同一出版商旗下 mega journal 的资金补贴。这个 mega journal(至关重要地)从高影响力的期刊中获得回报,即「名誉补贴」,实现优势互补。
Plos 出版商即是如此。毫无疑问,Scientific Reports 也是从「自然」这个品牌中获得大量的名誉补贴的例子。其他期刊,如「BMJ Open」和「AIP Advances」可能有类似的情况。然而,也有一些没有知名期刊可以依仗的 mega journal。有些 mega journal 看起来就像是个收容站,它们会接收被同一出版商旗下相对来说更知名的期刊拒稿的稿件。这样作者至少可以省去再经历一次繁琐的投稿过程。当然,和 mega journal 模式不同,这种接受相对来说低质量文章的出版方式被越来越多的出版商采用。这可能避免浪费(最小化投稿量-拒稿-投稿,周而复始)的一种好方法,但是它有时确实有点像攫取文章处理费。
这些在学术出版圈盛行的观点,也强烈表明对 mega journal 质量的担忧会一直下去。更有甚者,即最低级的,被称为「掠夺性」的期刊,将会为了收取文章处理费而出版任何垃圾文章。请作者们一定要小心。然而,在许多方面,掠夺性期刊的增加不可避免的降低了市场准入,同时也加剧了竞争从而促进创新。
人们常常忘记创新是 mega journal 质量评估的次要组成部分。这是出版后质量评估。人们对期刊质量的评估在于文章的使用量,例如有多少引用和被多少人讨论。mega journal 喜欢用简单粗糙的度量值-影响因子来向大众宣传每篇文章的使用数据。
诸如此类的发展已经进一步促进了创新。「F1000 Research」结合了 mega journal 的模型,如出版后公开同行评议和意见。人文和社会科学领域的许多 mega journal 已经建立,尽管他们发现收取文章处理费的模式并不受作者欢迎。因此,「SAGE Open」收取非常低的文章处理费,但是「Open Library of theHumanities」起初以 Plos 为模板建立,完全摒弃了收取文章处理费的模式,而是依靠赞助和会员模式。「只看重科学性」的同行评审概念在人文科学中同样存在质疑。