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转录组靶向库
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Epitranscriptome Focused Small Molecule Library
21000
Chemdiv
1mg
在分子生物学领域,表观转录组包括细胞内RNA(转录组)的所有生化修饰。表观转录组学(epitranscriptomics,又称“RNA表观遗传学”)涵盖转录组在所有功能上相关的改变,而不涉及RNA序列的改变。目前已知的转录后修饰有一百多种,这些丰富的RNA修饰在基因调节中起着关键作用。现有研究已经发现异常的RNA修饰与免疫系统和中枢神经系统疾病的治疗相关:促进急性髓性白血病细胞的生长;与各种神经发育和神经元疾病有关-自闭症,癫痫,脑发育异常,肥胖,小头畸形,Prader-Willi综合征,脆性X综合征,重度抑郁症等;大脑发育和功能的调节机制。随着RNA修饰酶(Writer)、去修饰酶(Eraser)和修饰识别蛋白(Reader)的不断发现,RNA化学修饰的可逆变化和动态调控有可能成为新的医学靶点,表观转录组学也因此吸引了越来越多的关注。通过小分子化合物调控RNA修饰相关酶类,有可能为新药研发和表观转录组学研究提供新的方向和思路。
陶素生化表观转录组靶向库聚焦表观转录组学靶点,从Chemdiv 160万种类药性化合物中筛选出21000种表观转录组靶向的潜在活性小分子。表观转录组靶向库选取目前报道的RNA修饰相关酶作为目标靶点,包括TET2, NAT10, MTO1, ADAR1, ADAR2, METTL3/14, METTL16, FTO, ALKBH5。随后进行数据分析筛选:1、机器学习:kNN classifier, Distance in the Bitvector Cosine Space, FCFP12 (10,240 bit) fingerprints;2、3D结构相似性:范德华表面对齐,静电势表面对齐,3D药理学建模;3、分子对接打分。最后再经过药理性质过滤,去除反应性、毒性、混杂和其他不良结构,去除不明确的和与治疗无关的化合物。通过层层筛选,最终得到的表观转录组靶向库,可用于表观转录组学相关研究以及免疫系统和中枢神经系统疾病相关研究。
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