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Experimentally Verified miR-146a Target Genes:BRCA1,BRCA2,CD40LG,CFH,FADD,FAS,IRAK1,IRAK2,
MMP16,STAT1,TRAF6.
Bioinformatically Predicted miR-146a Target Genes:ADAMTS3,ADARB1,ARL5B,ARL8A,ATG12,BCL11A,
BCORL1,BTG2,CASK,CD80,CDC42BPA,CELF3,CEP170B,CLCN4,CNTFR,CSF1R,CUX1,DLST,DNPEP,DOT1L,EIF4G2,ELAVL1,ERBB4,ESYT2,FBXO28,FBXW2,FLOT2,FRYL,GAS7,GOSR1,HNRNPD,IGF2BP1,ITGAV,KDM2B,KIAA0141,KLF7,KPNA6,LIN7A,LRRC15,MED1,MYT1,NOTCH2,NOVA1,NUMB,PHOX2B,PM20D2,PPP2R3A,PSMD3,RABGAP1,ROBO1,RUNX1T1,SBSPON,SEMA3G,SH3GL2,SLC10A3,SLC2A3,SLC38A1,SMAD4(MADH4),SORT1,STC1,STRBP,STX3,TAF9B,TANC2,TDRKH,TLN2,USP3,USP47,VAT1,VBP1,ZFYVE1,ZNF512B,ZNRF3.
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文献和实验简介:什么是PCR芯片? 实时定量PCR是检测基因表达最灵敏,最可靠的方法。通过在试验过程中,实时监测荧光染料的信号变化,反映样品中的基因拷贝数。实时定量PCR线性范围广(能达到5个数量级),因此可以检测同一样品中表达量极低的基因和表达量很高的基因。但是,由于实时定量PCR需要制备标准曲线和同时分析内参基因,因此,每次实验只能检测少数几个基因的表达水平,若要检测大量基因,则工作量巨大,耗时长久。 通过简单的,经过优化的实时定量PCR体系,如SuperArray的RT2ProfilerTM
【求助】microRNA106-b~25的~25,是什么意思?
还是没搞明白呀。 dnazyme 你读读上述参考文献的原文吧,可以认为microRNA106是发现的miR的序号,是成熟miR的命名,可以把miR106理解成一个族,miR106b理解成一个亚族;miR106b-25就是这个亚族的成员。-25相当于这个成员的序列号。 命名与数据库有关,我引用的文献mirbase的方式,这个文献后面还列了很多过去的文献,例如,miRBase: microRNA sequences, targets and gene
。 生信挖掘的基本套路我们都很清楚,就是利用公共数据库,例如 GEO、TCGA 等等,重新分析找到差异表达的基因,然后进行 GO、KEGG 分析,network 分析,最后至多加一些实验 qRT-PCR 的验证,可是这样的研究没有新意。 在一开始没有测序数据,寻找课题的时候,可以生信挖掘是一个不错的选择,那再结合外泌体之后,整个研究就会形成体系,更上一层楼。 我们以第四篇文章为例,看看怎么样设计课题! 1、差异表达基因的筛选 作者选择了 GEO 数据库中 GSE89587 芯片数据,这是
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