全长转录组测序

产品简介
利用三代测序平台（PacBio和Nanopore）对某一物种的mRNA进行测序研究，无需打断拼接，可直接获得从5'端到3'端的高质量全长转录组信息，从而准确分析可变剪接、可变多聚腺苷酸化（APA）、融合基因、基因家族及非编码RNA等信息。

产品优势
a.超长读长，无需将转录本打断，直接读取高质量全长转录本序列；
b.准确鉴定可变剪接、融合基因、基因家族、等位基因及非编码RNA等信息；
c.能够发现新的功能基因，补充基因组注释。

技术路线


结果展示
可变剪接分析
mRNA前体通过不同的剪接方式产生不同的mRNA剪接异构体称为可变剪切，可变剪切增加了真核生物基因表达的复杂程度和蛋白质功能，与生物学分子机制和人类疾病的发生有密切关系。对转录本发生的5种可变剪接事件情况进行统计,各样品中预测的可变剪接事件数量统计。

可变多聚腺苷酸化
前体mRNA的可变多聚腺苷酸（alternative polyadenylation, APA）可能影响转录组多样性、基因组的编码能力以及基因的调控机制。采用TAPIS pipeline识别APA。对各个样品所识别出的APA数量进行统计。

转录因子分析
转录因子(Transcription factor)是能与基因5`端上游特定序列专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。对不同类型的转录因子个数进行统计。

lncRNA预测
将转录本各个编码框上的蛋白序列与pfam数据库做hmmscan同源搜索，能比对上的转录本即为具有某个蛋白结构域的转录本，即认为具有编码能力，而无比对结果的转录本被认为是潜在的lncRNA，然后采用4款分析软件鉴定得到的非编码转录本取交集，用于后续lncRNA分析。

转录本GO分类
使用BLAST软件将得到的新转录本序列与GO数据库比对，获得转录本的注释信息，通过注释结果，筛选与表型性状相关的关键转录本，从而揭示生物学问题。


常见问题
Q1：相对二代普通转录组，三代全长转录组还有什么其他优点？
三代全长转录组（PacBio和Nanopore）能够准确鉴定可变剪切类型、融合基因、基因家族及非编码RNA等信息，同时采用Nanopore进行转录本定量更准确。

Q2：三代全长转录组能够做定量分析？
A：PacBio由于芯片中 ZMW 孔数的限制，需要较大的数量才能达到饱和，成本比较高，目前常用二代来辅助定量。Nanopore可以在较低数据量测到饱和，适合转录本和基因的定量分析。

Q3：原核生物能否做全长转录组？
A：目前三代全长转录组的建库方式采用调取polyA的方式，暂不能做原核物种测序。