计算机辅助药物筛选也称虚拟筛选(Virtual Screening),是药物发现和筛选药物(筛药)常见的方法之一。虚拟筛选(Virtual Screening)属于基于结构的药物设计(Structure Based drug design,SBDD)的一种方法,当虚拟筛选的量比较大的时候,可称为高通量虚拟筛选(High throughput virtual screening,HTVS)。虚拟筛选根据受体结构的有无,可以分为基于受体结构的虚拟筛选(Receptor Based Virtual Screening, RBVS)和基于配体的虚拟筛选(Ligand Based Virtual Screening, LBVS)。其中基于受体结构的虚拟筛选也叫做基于结构的虚拟筛选(Structure Based Virtual Screening, SBVS)。
除了上述讲到的一些方法外,还有一种基于片段的虚拟筛选(Fragment Based Virtual Screening, FBVS)方法,其是基于片段药物设计(Fragment Based Drug Design,FBDD)的方法的一种。其优点是可以对不可成药的靶点进行筛选。其通过筛选得到的化合物需要进行组合,形成一个新的化合物。