DiI除了最简单的细胞膜荧光标记外,还可以用于检测细胞的融合和粘附,检测发育或移植过程中细胞迁移,通过FRAP(Fluorescence Recovery After Photobleaching)检测脂在细胞膜上的扩散,检测细胞毒性和标记脂蛋白等。
用于细胞膜荧光标记时,DiI的常用浓度为1-25μM,最常用的浓度为5-10μM。DiI可以直接染色活的细胞或组织,染色时间通常为5-20分钟。对于固定的细胞或组织,通常宜使用配制在PBS中的4%多聚jiǎ醛进行固定,使用其它不适当的固定液会导致荧光背景较高。