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- 2025年07月14日
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人类的基因组芯片，型号为U133 plus 2.0,总共约有4.7万个转录本，3.9万个基因。
实验步骤：
客户只需要提供组织、细胞、即可，从提RNA到纯化、质检、芯片杂交扫描及分析，我们都会为您完成。
a样品寄送，组织块建议用干冰或液氮运输；细胞建议放在trizol中4度或干冰运输都可。RNA最好溶解在RNase free的水中干冰运输（如果路程小于30分钟，可以直接放普通冰上运输）
（送样要求：RNA实验只需要200ng的总RNA即可，浓度不低于70ng/ul， 考虑到QC以及重复需要，希望提供10ul以上的总RNA。260/280希望在1.8-2.2之间。260/230最好在2.0以上，尽量不低于1.0）
b RNA提取与质检，我们采用最先进的Agilent bioanalyzer跑电泳。（下图为DNA电泳模拟图，RNA原理同DNA）
电泳结果如下图：18S，28S的比值，5S的区域，浓度以及模拟电泳图
c 芯片杂交与洗涤
判断芯片是否成功的一些知识：
1. - 四条边明暗交替模式、拐角棋盘模式
- 左上角芯片名称清晰
2.背景平均值(Average Background)和噪音值(Noise Values)
典型的背景平均值范围在 20 到 100 之间。
来源于相同扫描仪应该有可比较的噪音值。
结果显示在.rpt 文件中。
3) Poly-A Controls: lys,phe,thr,dap
Poly-A RNA Controls 用来监控全程的标记过程. lys,phe,thr,dap 的 3’端都应该表达
(Detection 为 P)。结果显示在.rpt 文件中。
4) 杂交对照：bioB,bioC,bioD,and cre
bioB,bioC,bioD 代表 E.coli.生物素合成通路中的基因。bioC,bioD,and cre 应该总是检测到
并以递增的信号强度表达，来反映它们相对的浓度。结果显示在.rpt 文件中。
5) 内参照基因 Sig(3’/5’)比值检测
对于大多数的表达芯片，ß-Actin 和 GAPDH 两个基因被用来评估样品制备的质量。二者
探针组的 3’/5’比值至少一个小于 3。ß-Actin 和 GAPDH 的 3’/5’比值显示在.rpt 文件中。
6) 总体基因的表达率不能低于 20%。
7) RNA, cRNA QC 电泳图 符合质控要求
d 数据分析
信号通路分析
信号通路网络分析
聚类分析
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文献和实验线性染色体两端的特殊序列，这种序列广泛分布在原生动物、真菌、植物和哺乳动物的染色体中，并且在序列组成上十分相似，富含G，且由短的基本序列随机串联重复而成。在人类，这种基本序列是GGGTTA。功能是保持线性染色体的稳定，即不环化、不粘合、不被降解。端粒是由端粒酶合成的。该酶是反转录酶, 自身含有一个RNA分子，可作为延长DNA末端合成的模板，合成的方向是5＇→3＇。 端粒是染色体的重要部分, 它保证了染色体的完全复制; 同时在染色体的两端形成保护性的帽结构,使染色
和mRNA 表达差异，希望能找到耐受性差异的分子机制。首先作者利用Agilent Human miRNA Microarray V2.0 分析这6 种人类胃癌细胞microRNA 的表达情况，找到了25 个microRNA，这些microRNA 的表达丰度与HCPT耐受性的强弱有关。然后利用Affymetrix HG‐U133+ PM Array Plate 分析mRNA 的表达情况，结果找到了307 个与HCPT 耐受能力相关的mRNA，其中33 个基因曾经被报道与肿瘤形成、细胞增殖有关。
是按照 Affymetrix公司的产品给出的。 1.1张芯片能检测1个样品。实验组和对照组在不同的芯片上进行。 2. 我们实验室实验组和对照组都做了3个样品。我见过论文上只做2个样本的（实验和对照各2个），论文发在PNAS上。 3. 不需要回答。 4. 我们使用的是该公司的基因组芯片，价格是每张6000人民币。至于miRNA芯片，价格应该差不多。你可以搜索该公司在你所在城市的代理咨询价格和技术细节。 zhujoker miRNA 芯片你最好还是选用美国
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