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文献和实验1.代谢组学数据存在的弊端 代谢组学相较于系统生物学的其他组学来说,拥有海量的数据(尤其是非靶向代谢组学数据),通常来说,代谢组学数据的特点有: a.高噪声:生物体内含有大量维持机体生理作用和功能的内源性小分子,具有特定研究意义的生物标志物以及功能代谢物只是其中很少的一部分。绝大部分的代谢物和研究目的无关,这就造成了在整体代谢物背景下,少部分的功能代谢物受到绝大部分无用代谢物的噪声干扰会相对严重; b.高维度(相对小样本):通常来说,非靶向代谢组检测到的代谢物的数量远大于样本个数,因此处理代谢
如何用 Xcalibur 和 Metlin 指认并鉴定代谢物
代谢组学是现在医药领域用来探究某种疾病或药物作用机制的一种热门手段。目前代谢组学的研究主要采用三种技术平台:LC-MS、NMR 和 GC-MS。这三种技术各有利弊,相对来说,LC-MS 对于代谢物的检测最为全面。对于 LC-MS 代谢组学方法得到的代谢物指认,Xcalibur 软件和 Metlin 数据库最为实用。下面我们就讲一下 Xcalibur 软件和 Metlin 数据库的使用方法:1 . 找到想要解析的数据,双击,出现如下界面,激活右上角色谱图光标,使其变绿,即可对色谱图进行编辑
亦称中间代谢物。指通过代谢过程产生或消耗的物质,生物大分子不包括在内。生物大分子的前体及降解产物是真正的代谢物。代谢过程中在酶作用下生成或转变的小分子化合物也称作代谢物。
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