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上海一基实业有限公司
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文献和实验数据库,GEO 和 TCGA。下面介绍三种提取注释信息的方法方法一:从 UCSC Xena 下载直接从 UCSC Xena 相应的癌症甲基化数据库里下载对应的文件。可以看到是来自 GPL16304 平台的芯片,其实和下面要介绍的从 GEO 下载注释信息是一样的,不过 TCGA 的探针数可能会少于 45w,大约 39w,因为提前过滤了一些低质量的探针。方法二:从 GEO 下载对应平台的注释文件在 GEO 的官网 platform 下搜索 Illumina HumanMethylation450,可以看到
的;与溶剂和温度不相关。一般来说,在42℃,甲酰胺基础上的杂交比65℃水溶液中的要好,因为促进了信号和杂质的比率。但在甲酰胺中的动态杂交要比在水溶液中的慢,当用低拷贝量的目标分子时,建议使用有右旋糖苷硫酸盐或聚乙烯乙二醇的水溶液。 类似的方法用于使“杂质”最小化:用Denhardt试剂,十二烷基硫酸钠(SDS)修剪鲑精DNA,tRNA和Cot1DNA。当我们用cDNA时,也包括多聚A RNA或与富含T的序列相连接的多聚A。 讨论 我们集体的努力显示了在学术环境下如何实现芯片技术的。在AECOM
盐酸二甲基对苯二胺溶液一滴,阳性者呈现粉红色,并逐渐加深;再加α-萘酚溶液一滴,阳性者于半分钟内呈现鲜蓝色,阴性于两分钟内不变色。以毛细吸管吸取试剂,直接滴加于菌落上,其显色反应与以上相同。18、 硝酸盐培养基 成分: 硝酸钾 0.2g 蛋白 5g 蒸馏水 1000ml pH7.4 制法:溶解,校正pH,分装试管,每管约5ml,121℃高压灭菌15min。 硝酸盐还原试剂: 甲液:将对氨基苯磺酸0.8g溶解于2.5mol/L乙酸溶液100ml中。 乙液:将甲萘胺0.5g溶解于2.5mol
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