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文献和实验芥菜型油菜种皮转录组De Novo拼接及类黄酮生物合成基因的鉴定
scaffold长度为200bp。Figure 2A为scaffold分布图。采用CD-HIT (V.4.5.4)软件将scaffold进一步组装成69,605个独立基因，其分布图见Figure 2B。具体参数见表格。 功能注释：功能基因与NCBI的non redundant (Nr)蛋白数据库进行blast比对（以E value值10-5为截点），大约71.5%（49,758个独立基因）能比对到该数据库，它们中62.01%的基因E-value值低于1E-50且具有很好的同源性，剩余的37.99%的基因
-Sep 尺寸排斥柱（Princeton Separation， Adelphia，NJ)。 ( 13 ) L-甲苯磺酰氨-2-苯乙基氯甲基酮处理过的胰蛋白酶（Pierce，Beverly，MA)。 ( 14 ) 磷酸缓冲液（PBS)：10X 储备液，每升含：80 g 氯化钠、2 g 氯化钾、11.5 g 磷酸氢二钠水合物（ Na2HPO4·7H2O ) 和 2 g 磷酸二氢钾。 ( 15 ) 1 mol/L 氯化镁。 ( 16 ) 50 mmol/L Tris-氯化氢，pH
洗脱液，接着按照3.2b进行）2a.加入2ulRNaseA(0.5mg/ml).加热至65°C摇晃4-5小时或者过夜以逆转交联。DNA采用PCR纯化试剂盒中厂家说明进行纯化。样品冻存于-20°C.样品之所以加入RnaseA是因为高浓度RNA会在使用PCR纯化试剂盒时干扰DNA的纯化。而纯化柱子的饱和度是既定的。2b.加入5ul蛋白酶K(20mg/ml).加热至65°C摇晃4-5小时或者过夜以逆转交联。采用酚/氯仿抽提的DNA使用乙醇沉淀于10ul的糖原(5mg/ml).中。100ul水重悬浮。样品
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