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上海中科新生命生物科技有限公司
对代谢组学数据进行分析的首要目的是从鉴定到的大量代谢物中筛选一部分具有统计学和生物学意义的代谢物，并以此为基础阐明生物体的代谢过程和变化的机制。很多情况下，鉴定到的代谢物之间表达量和表达模式是有一定相关性的，例如处于同一代谢途径上下游的代谢物。
代谢组学数据分析及生物信息分析主要内容包括：
♦ 主成分分析（PCA）
♦ 多维统计：PLS-DA/OPLS-DA二维图
♦ 单变量统计：火山图
♦ 差异代谢物聚类分析
♦ 差异代谢物KEGG通路分析
※主成分分析（PCA）
主成分分析（Principal Component Analysis, PCA）是一种非监督的数据分析方法，它将原本鉴定到的所有代谢物重新线性组合，形成一组新的综合变量，同时根据所分析的问题从中选取几个综合变量，使它们尽可能多地反映原有变量的信息，从而达到降维的目的。
图1 QC样本PCA得分图 （红色为重叠的多个QC样本）
※ 多维统计：PLS-DA/OPLS-DA二维图
偏最小二乘判别分析（PLS-DA）
不同于主成分分析（PCA）法，偏最小二乘判别分析（Partial Least Squares Discrimination Analysis, PLS-DA）是一种有监督的判别分析统计方法。该方法运用偏最小二乘回归建立代谢物表达量与样品类别之间的关系模型，来实现对样品类别的预测。
图2 PLS-DA得分图
正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）
正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）是一种对PLS-DA进行修正的分析方法，可以滤除与分类信息无关的噪音，提高了模型的解析能力和有效性。
图3 OPLS-DA得分图
※ 单变量统计：火山图
单变量分析方法是最简单常用的实验数据分析方法，可以直观地显示两样本间代谢物变化的显著性，从而帮助我们筛选潜在的标志代谢物。
图4 火山图（Volcano Plot）
※ 差异代谢物聚类分析
利用定性的显著性差异代谢物的表达量对各组样本进行层次聚类（Hierarchical Clustering），从而辅助我们准确地筛选标志代谢物，并对相关代谢过程的改变进行研究。
图5 正离子模式显著性差异代谢物层次聚类结果
※ 差异代谢物KEGG通路分析
将得到的相应差异代谢物提交到KEGG网站，进行相关通路分析。
图6 KEGG代谢通路分析图
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文献和实验位分析，结合生物信息学分析，发展为空间代谢组学方法，可从生物组织原位发现差异代谢物，并识别其生物学功能。 图 1 | 小鼠肾脏标志性代谢物空间成像图 质谱成像的离子化的方式主要有基质辅助激光解吸电离（Matrix-assisted Laser Desorption Ionization Mass Spectrometry, MALDI）质谱和解吸电喷雾离子化（Desorption Electrospray Ionization, DESI）质谱。 MALDI-MSI 分析中非常关键的一点
靠性等等，这里有一大堆的问题。 至少对我小编这种不懂算法的人来说，一个优秀的匹配算法背后，简直是难以企及的另一个世界。总之，一个高质量的自建标准品库，不仅需要在不同条件下获得高质量的标准图谱，还需要准确的匹配算法进行图谱比对，两者都起着决定性作用。最后，所获得的鉴定结果，仍需有经验的分析人员再进行人工核对。 以上说起代谢组学研究难的原因大多在这里了，对于鹿明生物平台来说，长久的建库工作也不是一朝一夕完成的，目前鹿明生物拥有： a.自主知识产权的 GC-MS 数据库—LUG 4.0（Untarget
. 基于上述两篇文章来看：以保留时间 RT、一级质谱 MS1、二级质谱 MS2 三个维度的鉴定是目前代谢组学代谢物鉴定中较为通用可靠的方式。因此，基于该三个维度建立开发本地数据库是目前较为迫切的需求（鹿明生物目前已自建了 LUG 数据库和 EMDB 数据库），而稳定一致的质谱平台在一定程度上也有利于本地数据库的实现。 3.标准化的三维度—代谢物鉴定 首先来个小科普... ... 什么叫可信代谢物？简单来讲，通过多维度的匹配后能相对较为准确地得到注释的代谢物，这些代谢物就可以成为可信代谢
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