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p53 Activation: ATM, ATR, BBC3, BRCA1, CDKN1A (p21CIP1/WAF1), CDKN2A (p16INK4), CHEK1, CHEK2 (RAD53), FOXO3, GML, MDM2, MSH2, SIRT1, TP63, TP73.
p53 Regulators & Interactors: CDKN2A (p16INK4), DNMT1, HDAC1, KAT2B, MDM2, MDM4, SIRT1, TADA3, TP53AIP1, TP53BP2, TP63 (TP73L), TP73. T
arget Genes: Apoptosis: APAF1, BAX, BBC3, BTG2, CASP9, EGFR, EI24, ESR1 (ERa), FAS (TNFRSF6), PRKCA, TNF, TNFRSF10B (DR5), TP53, TP53AIP1, TP73.
Cell Cycle: CCNG1, CDC25A, CDC25C, CDKN1A (p21CIP1/WAF1), E2F1, E2F3, GML, MDM2, MYC, PPM1D, RB1, RPRM, SESN2, SIAH1.
DNA RePAir: BRCA1, BTG2, EGFR, GADD45A, PCNA, PTTG1.
Angiogenesis: BAI1, IL6, PTEN.
Downstream Responses: Apoptosis: APAF1, BCL2, BCL2A1, BID, BIRC5, CASP2, CASP9, CRADD, FADD, FASLG (TNFSF6), IGF1R, MCL1, NF1, NFKB1, PIDD (LRDD), RELA, TNFRSF10D, TRAF2, WT1. Cell Cycle: CCNB1, CCNE1, CCNG1, CCNH, CDK1 (CDC2), CDK4, PRC1, TSC1.
DNA RePAir: BRCA2, MLH1, XRCC5.
Transcription Factors & Regulators: BRCA2, EGR1, JUN, MYOD1, NFKB1, RELA, STAT1.
Other Genes: HK2, KRAS.
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文献和实验PCR芯片,研究者可以同时研究大量基因,既可以进行某些特别感兴趣的信号通路的研究,也可以作为验证芯片结果的方法。 为了获得理想的实验结果,PCR芯片面临以下挑战:高特异性,高灵敏度和可重复性。高灵敏度或低检出限,在样品的总RNA量少,基因表达量低的情况下,也能检测出目的基因。高特异性,扩增产物严格保证基因特异性,避免非特异性产物,如引物二聚体的产生。可重复性,通过标准化的反应体系和实验方法,使得多人多次重复实验均能获得可靠的基因定量结果。 PCR芯片实验操作步骤 采用PCR芯片进行实验只需
HPV 并不是宫颈癌唯一的「元凶」?这种微生物化身「帮凶」,共同促进癌症发生
E7 类器官,并进行了 qRT-PCR 和免疫印迹分析。结果显示,在没有 HPV E6E7 表达的情况下,沙眼衣原体显著抑制 E2F1 和肿瘤抑制因子 p53(TP53),而共感染导致 TP53 明显减少,但 E2F1 和 RB1 转录本没有显著减少。 与沙眼衣原体感染相反,HPV E6E7 上调 TP53、E2F1 和 RB1 基因表达。无论是否感染 HPV,沙眼衣原体感染 hCEcto 细胞后,总 Rb、pRb(S807/811)、E2F1 和 p53 蛋白减少。然而,E6E7 表达增加 E2
中基因的拷贝数和浓度;后者可以对不同方式处理的两个样本中的基因表达水平进行比较。除此之外我们还可以对 PCR 产物或样品进行定性分析:例如利用熔解曲线分析识别扩增产物和引物二聚体,以区分非特异扩增;利用特异性探针进行基因型分析及 SNP 检测等。目前实时荧光 PCR 技术已经被广泛应用于基础科学研究、临床诊断、疾病研究及药物研发等领域。其中最主要的应用集中在以下几个方面: DNA 或 RNA 的绝对定量分析。包括病原微生物或病毒含量的检测,转基因动植物拷贝数的检测,RNAi 基因失活率的检测
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