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文献和实验LAMP引物设计的在线网站(http://primerexplorer.jp/e/),只要导入靶基因就能自动生成成组引物。 以某一微生物的鞭毛基因为例讲解一下LAMP相物设计的过程: 首先单击浏览钮择靶基因序列文件,靶序列默认的是小于2 2 kbp。支持三个类型的文件,普通文本格式(仅含序列), FASTA格式和GenBank 格式文件。 第二,从下面个项中择定参数设定(引物设计条件条件。基于GC含量的自动判断, 起始的参数是特定的:如果GC含量小于或等于45%.,则选取AT丰度高的区
情况在20。30 rain均可检测到扩增产物。且产物可以扩增至109倍,达0.5 mg/mL.应用专门的浊度仪可以达到实时定量检测。(3)高特异性,由于是针对靶序列6个区域设计的4种特异性引物。6个区域中任何区域与引物不匹配均不能进行核酸扩增。故其特异性极高。(4)高灵敏度,对于病毒扩增模板可达几个拷贝,比PCR高出数量级的差异。 缺点:由于LAMP扩增是链置换合成,靶序列长度最好在300 bp以内。>500 bp则较难扩增。故不能进行长链DNA的扩增。由于灵敏度高。极易受到污染而产生假
,假阳性问题比较严重,因此我们强烈推荐在进行试剂盒的研发过程中采用实时浑浊仪,不要把反应后的PCR管打开;引物设计要求比较高,有些疾病的基因可能不适合LAMP方法。 2. 对比目前国内实验室同类检测设配使用情况 目前国内基因诊断常采用PCR方法,涉及到PCR仪,该仪器价格国产和进口价格不一,便宜的2~3万也能买到,贵的20多万。条件比较好的实验室和国家机构也有尝试荧光定量 PCR方法的,该方法技术含量高,必须使用荧光定量PCR仪,价格在20~70万不等。 LAMP产品在临床
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