经典案例解析
全基因组甲基化测序揭示成神经管细胞瘤中DNA甲基化调控作用
Decoding the regulatory landscape of Medulloblastoma using DNA methylation sequencing. nature. 2014
成神经管细胞瘤是一种高度恶性原发性脑肿瘤,产生于小脑和颅后窝。分为4个亚型: WNT-pathway-activated, SHH-pathway-activated,所知较少的Group 3 和 Group 4。本研究通过对34个人成神经管细胞瘤组织(每种亚型5-12例不等)及8个正常组织对照(成人组及婴儿组各4例)进行了全基因组甲基化测序,发现相比于正常对照,肿瘤组织的甲基化水平明显降低,尤其是非CpG岛位点,甲基化位点集中分布于转录起始位点下游数kb处,提示与基因的表达量有密切关系。通过与转录组测序结果的联合分析,发现甲基化水平高的基因表达程度低,并且在Group 3 和 Group 4发现一些新的成神经管细胞瘤相关基因。