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文献和实验北大伊成器团队 Nature Method 发文,揭示单碱基编辑脱靶风险!
and target-strandediting by cytosine base editors 的论文 [1], 报道了胞嘧啶碱基编辑器 (cytosine baseeditor,CBE) 的脱靶风险。 研究内容: CBE 可以将碱基中脫氧胞苷(dC)转化为脫氧尿苷(dU),并最终转换为脱氧胸苷 (dT),实现 DNA 中 C 到 T 的编辑。图片来源:Nature Method 也正是因为 CBE 进行的 C 转 T 编辑需要中间体 dU,研究人员设计了一套名为 Detect- Seq 的测序
-agar) 2g 加ddH2O至90mL,调pH值至5-6,定容至95mL,高温灭菌(121℃,15min)。待温度降至55℃时,加入5mL预热(至少室温放置30min)无菌的40%detrose贮液。 (2) YEA培养基(100mL) YEA配方中含有150mg/L的腺嘌呤。用于培养尿嘧啶缺陷株的培养基,应加入150mg/L的尿嘧啶以利于最佳生长。 3. 仪器 恒温培养箱,恒温摇床,相差/微分干涉显微镜,普通光学显微镜 四
之间的长度。所以几十个循环后就会产生 大量的两引物之间序列。 引物设计 : 1,长度15~30个核苷酸,最多到50个核苷酸左右。 2, 尽量避免嘌呤和嘧啶堆积的现象。(其实有时很难避免,不是很重要)。 3,引物内部不应该形成二级结构,如果引物中有酶切位点时,就会出现引物二聚体。(一般不是很重要) PCR的反应条件 1,dNTP浓度过高会加快反映速度,但同时还可以增加碱基的错误掺入率。 2, 引物
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