OCT冰冻切片包埋剂

Visium 空间基因表达解决方案-样本冰冻包埋指南

。（此步骤一定要吸干水分，如有液体残留，OCT包埋后，组织表面形成冰晶，影响切片效果）。整个样本处理过程需要保持低温环境。  组织冰冻  在金属烧杯中加入三分之二的异戊烷(使样本足以完全浸入液体中)， 然后放入液氮容器(与异戊烷的液面相平)中，使其充分接触，孵育15分钟。同时将所有过程中的采集器具进行预冷。 用预冷的样本匙将新鲜组织浸没在异戊烷中，速冻约1min或直至组织完全冷冻。 采用异戊烷而不是液氮的原因是液氮的沸点低，组织直接放入液氮后会沸腾，在组织周围产生气穴，导致组织降温过程

Visium空间基因表达解决方案-冰冻切片制备指南

切片前实验准备   1.将OCT包埋的的组织块放入标本台： a.用OCT填充样品碟。 b.将OCT包埋的组织块置于台面，切面朝向台外 c.将样品碟和组织块放置在低温恒温室内的低温恒温器上 d.让OCT和组织块冻结并粘附在标本台上   2.使用冰冻切片去除多余的OCT： a.一旦冷冻，将组织块安装在低温恒温器的卡碟处，开始切片以去除多余的OCT。  b.切片情况在不同的组织和低温恒温器中有所不同。按照制造商的建议进行冷冻切片  c.继续切片，直到组织可见。 3.组织区域的切割选取

FFPE样本空间转录组实验流程，你想要的细节都在这里了

/per spot左右即可满足分析需要，不同于冰冻组织50k reads pair/per spot的要求。   八、总结 FFPE样本空间转录组实验流程相对OCT样本来讲，操作更加繁琐复杂，消耗的时间更长，但是它突破了过去从FFPE样本组织中获取空间基因表达信息的障碍，使得长期保存的珍贵样本的空间基因表达信息也能够检测到，能更好的利用现有的临床样本库资源进行回溯性研究等，实现病理图像化和基因数字化的完美结合。   吉凯承接过的部分空转样本类型