RNA结合蛋白富集测序 RIP-Seq/CLIP-Seq服务
CLIP-seq (crosslinking-immunprecipitationandhigh-throughput sequencing)即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序,可以高通量研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式,并揭示其在一些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。
RIP-Seq(RNA Immunoprecipitation)是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能帮助我们发现miRNA的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。 RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物,RIP实验的优化条件与ChIP实验不太相同(如复合物不需要固定,RIP反应体系中的试剂和抗体绝对不能含有RNA酶,抗体需经RIP实验验证等等)。
主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联,以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后,回收其中的RNA片段,经添加接头、RT-PCR等步骤,对这些分子进行高通量测序,再经生物信息学的分析和处理、总结,挖掘出其特定规律,从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。依据处理环节的稍微差别,CLIP-Seq目前有不同变体形式,例如 PAR-CLIP和HIT-CLIP。
我们的优势
测范围广:全基因组范围的RNA蛋白结合位点鉴定分析;
高性价比:基于抗体富集目标区域,有效降低测序数据量;
提供从实验设计,样品制备,测序,数据挖掘,到科学问题解析的整体方案 提供给客户专业的结题报告:
将结合相关领域的现有研究成果,解析相关功能作用或分子机制我们的优势
测序服务流程
研究内容
1.原始数据处理:过滤掉低质量的reads,去除barcode和adapter序列,去除PCR duplication reads,得到clean reads。
2.基因组和转录组比对
将clean reads比对到基因组,将不能比到基因组的reads比到转录组,筛选出唯一比上的reads
3.显著结合峰的识别与鉴定
将重叠的reads聚类,鉴定识别结合峰,将一定范围内的结合峰聚成簇(cluster)
4.结合峰特征分析:统计结合峰的在基因组的各区域的分布、长度分布、间距分布、结合位点的区域富集特征等。
5.所结合的靶基因功能聚类:对有显著结合峰的基因进行功能聚类,分析此RNA结合蛋白所调控的生物学通路。
6.最小结合基序分析:分析结合序列的共有基序(motif),分析结合序列的碱基类型分布
一、样本要求
样品类型:RNA样品
RNA片段大小:分布在100~500 bp范围,且主带明显。请提供RNA打断后的检测胶图以确定RNA片段大小是否符合要求,并请附加一份详细的样品信息单并提供ChIP后的q-PCR验证结果
二、测序策略
50 SE
三、推荐数据量
20M或40M clean reads
四、项目执行周期
25个以下的免疫沉淀后的RNA样品,标准流程(仅包括标准信息分析)的运转周期约为30个工作日
12个以下的细胞系样品,标准流程(仅包括标准信息分析)的运转周期约为42个工作日
样品数更多时,项目周期根据项目规模而定
五、合格指标
产生不低于合同规定的clean reads
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当提供方案时,进行可行性评估并进行报价,然后进行反馈沟通,最终敲定方案执行;
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