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在分子互作热力学分析领域中,等温滴定量热技术(ITC)是公认的金标准技术。 ITC 直接测量生物分子结合过程中所吸收或释放的热量,通过单次实验即可提供一整套有关分子相互作用的完整信息,包括结合常数(KD),化学反应计量比(N),熵变(ΔS)和焓变(ΔH)等。 ITC 主要应用在分子相互作用的研究中,如:蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-小分子相互作用、酶-抑制剂相互作用、酶促反应动力学、核酸-核酸相互作用、核酸-小分子相互作用和纳米颗粒相互作用等。
一、ITC 在药物发现中的应用
随着 X 射线晶体学对越来越多蛋白质三维结构的解析,药物能够被设计成与靶标紧密结合的几何形状。应用 ITC 技术可以给出药物与靶标相互作用的亲和力和热力学参数,从而为药物筛选、药物优化、疾病机理解释等提供了良好的基础。
[1]Wang LT, Pereira LS, Flores-Garcia Y, et al. A Potent Anti-Malarial Human MonoclonalAntibody Targets Circumsporozoite Protein Minor Repeats and Neutralizes Sporozoites inthe Liver. Immunity, 2020, 53(4): 733-744. (IF≈44)
[2]Amaral M, Kokh DB, Bomke J, et al. Protein conformational flexibility modulates kineticsand thermodynamics of drug binding. Nat Commun, 2017, 8(1): 2276. (IF≈18)
[3]Shalhout SZ, Yang PY, Grzelak EM, et al. YAP-dependent proliferation by a smallmolecule targeting annexin A2. Nat Chem Biol, 2021, 17(7): 767-775. (IF≈16)
二、ITC在PROTACs研究中的应用
蛋白水解靶向嵌合体(PROTACs)通过泛素-蛋白酶体系统选择性降解靶向蛋白,已成为一种新型治疗技术,与传统的抑制策略相比具有潜在的优势。ITC所提供的亲和力和热力学数据能够帮助解析PROTACs诱导的三元复合物的形成机制,这对于有效的PROTACs作用模式至关重要,极大地拓展了药物发现和治疗领域。
[1] Beveridge R, Kessler D, Rumpel K, et al. Native Mass Spectrometry Can Effectively Predict PROTAC Efficacy. ACS Cent Sci, 2020, 6(7): 1223-1230. (IF≈19)
[2] Ma B, Fan YZ, Zhang DZ, et al. De Novo Design of an Androgen Receptor DNA Binding Domain-Targeted peptide PROTAC for Prostate Cancer Therapy. Adv Sci (Weinh), 2022, 9(28): e2201859. (IF≈18)
[3] Lu XX, Sabbasani VR, Osei-Amponsa V, et al. Structure-guided bifunctional molecules hit a DEUBAD-lacking hRpn13 species upregulated in multiple myeloma. Nat Commun, 2021, 12(1): 7318. (IF≈18)
三、ITC 在COVID-19研究中的应用
导致COVID-19疾病的严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)发展迅速,对公共卫生构成了严重威胁。ITC能够提供病毒-宿主相互作用机制的热力学和亲和力证据,为抗病毒疗法提供潜在靶点,从而加快药物发现、疫苗和新疗法开发的过程。
[1] Lin S, Chen H, Ye F, et al. Crystal structure of SARS-CoV-2 nsp10/nsp16 2′-O-methylase and its implication on antiviral drug design. Signal Transduct Target Ther, 2020, 5(1): 131. (IF≈38)
[2] Sun XY, Yi CY, Zhu YF, et al. Neutralization mechanism of a human antibody with pan-coronavirus reactivity including SARS-CoV-2. Nat Microbiol, 2022, 7(7): 1063-1074. (IF≈31)
[3] Kneller DW, Li H, Phillips G, et al. Covalent narlaprevir- and boceprevir-derived hybrid inhibitors of SARS-CoV-2 main protease. Nat Commun, 2022, 13(1): 2268. (IF≈18)
四、ITC在结构生物学研究中的应用
除了结合的亲和力以外,ITC还能提供相互作用的热力学参数(ΔG、ΔH 、ΔS)和化学反应计量比(N),量化了晶体结构中特定相互作用的能量贡献,有助于阐明其中复杂的变构机制,在理解蛋白和核酸等生物大分子发挥正常生理功能的结构基础中发挥了宝贵的作用。
[1] De Munck S, Provost M, Kurikawa M, et al. Structural basis of cytokine-mediated activation of ALK family receptors. Nature, 2021, 600: 143–147. (IF≈70)
[2] Li Y, Haarhuis JHL, Cacciatore AS, et al. The structural basis for cohesin-CTCF-anchored loops. Nature, 2020, 578(7795): 472-476. (IF≈70)
[3] Garabedian A, Dit Fouque KJ, Chapagain PP, et al. AT-hook peptides bind the major and minor groove of AT-rich DNA duplexes. Nucleic Acids Res, 2022, 50(5): 2431-2439. (IF≈19)
五、ITC在酶学生物学研究中的应用
酶在生物学中无处不在,在生物技术和药物研究中发挥着核心作用。ITC能够用来研究酶与激活剂、酶与抑制剂的作用机制,为酶结构的改造和底物结构的改造等提供了理论基础。此外,酶学动力学分析使得能够从预先存在的ITC数据集中计算动力学速率常数,揭示了酶作用的机制和功能信息,对于理解生命系统以及开发药物和生物催化剂至关重要。
[1] Yao H, Liu MH, Wang LB, et al. Discovery of small-molecule activators of nicotinamide phosphoribosyltransferase (NAMPT) and their preclinical neuroprotective activity. Cell Res, 2022, 32(6): 570-584. (IF≈46)
[2] Chen CL, Paul LN, Mermoud JC, et al. Visualizing the enzyme mechanism of mevalonate diphosphate decarboxylase. Nat Commun, 2020, 11(1): 3969. (IF≈18)
[3] Di Trani JM, De Cesco S, O'Leary R, et al. Rapid measurement of inhibitor binding kinetics by isothermal titration calorimetry. Nat Commun, 2018, 9(1): 893. (IF≈18)
六、ITC 在表观遗传学研究中的应用
在过去的几十年中,表观遗传学研究取得了各种突破性进展,通过ITC所提供的分子互作热力学信息,为表观遗传标记在分子信号传导中的适用性提供了证据,阐明了细胞生物学行为,为表观遗传学在临床实践中的药物设计应用奠定了基础。
[1] Yuan G, Flores NM, Hausmann S, et al. Elevated NSD3 histone methylation activity drives squamous cell lung cancer. Nature, 2021, 590: 504–508. (IF≈70)
[2] Armache A, Yang S, De Paz AM, et al. Histone H3.3 phosphorylation amplifies stimulation-induced transcription. Nature, 2020, 583: 852–857. (IF≈70)
[3] Weinberg DN, Papillon-Cavanagh S, Chen HF, et al. The histone mark H3K36me2 recruits DNMT3A and shapes the intergenic DNA methylation landscape. Nature, 2019, 573: 281–286. (IF≈70)