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- 2025年12月07日
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伯豪生物
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单细胞 TCR/BCR 测序
免疫组库（Immune Repertoire，IR）是指机体内 T 淋巴细胞和 B 淋巴细胞多样性的总和，反映机体免疫系统在特定时间段内应对外界刺激应答的能力。基于 10X Genomics 的单细胞系统，可实现高通量的单细胞转录组和 V(D)J 测序。不但可以将 TCR/BCR 双链匹配，而且能够同时获得基因表达信息。
10X Genomic 单细胞免疫组库测序与单细胞 RNA 测序一样，通过微流控系统将带有条形码和引物的凝胶珠与单个细胞包裹在油滴中；接下来在每个油滴内，凝胶珠溶解，细胞裂解释放 mRNA，通过逆转录产生带有 10X barcode 和 UMI 信息的 cDNA。破油（Breaking Emulsions）之后，cDNA 一分为二，后续同时进行基因表达和免疫组库的文库构建。其中 TCR 或者 BCR 的 V(D)J 序列通过设计在 C 区的巢式引物进行 PCR 富集；而 mRNA 的信息，与 10X Genomics 3’mRNA 文库不同，保留的是 5’端的信息。测序后即可一次性获得大量单细胞的基因表达和免疫组库数据。
图 5’mRNA 与 TCR/BCR 同时建库
1、通量高：一张芯片具有 8 个独立的通道，可供 8 个样本同时上机，每个通道可捕获 10000 个细胞。
2、分辨率高：可获得真正单细胞水平的的免疫组库信息，并且可匹配 TCR/BCR 的双链。
3、信息丰富：可同时获得单个细胞匹配的 mRNA 和 TCR/BCR 信息。
文库结构
5’gene expression 文库
图 10X Genomics 5’gene expression 文库示意图
V(D)J 文库
图 10X Genomics V(D)J 文库示意图
建议测序深度及参数
| 指标 | 参数 |
| 测序深度 -5’mRNA | 50,000~100,000 reads/cell |
| 测序深度 -TCR/BCR | 5,000~10,000 reads/cell |
| 测序类型 | PE150 |
1、类型：新鲜组织，原代细胞，细胞系等。
2、来源：血液提取、磁珠富集、流式富集、组织解离等。
3、样本量及其它质控要求：
| 样本类型 | 要求 |
| 细胞悬液 | > 10* 目标细胞个数（底限 10,000 个细胞）； |
| 活率 >80%； | |
| 浓度 500-1,000 个细胞 /ul； | |
| 细胞间无粘连（成团率 <5%）； | |
| 无大于 40um 的细胞碎片或其他颗粒物； | |
| 不存在逆转录抑制剂和非细胞的核酸分子。 | |
| 血液 | EDTA 抗凝的全血（不可肝素抗凝），>5ml。 |
| 组织 | 0.3cm × 0.3cm（不超过 0.5 × 0.5cm）的新鲜组织，4~5 块。 |
4、样本的保存与运输
| 样本类型 | 要求 |
| 细胞悬液 | 建议现场制备，如要运输，建议使用伯豪生物自主研发的单细胞保护液，4°C 运输，48 小时内送达伯豪生物实验室。 |
| 血液 | EDTA 抗凝的全血，4°C 运输，2 小时内送达伯豪生物实验室；或提取 PBMC 后冻存，干冰运输。 |
| 组织 | 建议使用伯豪生物自主研发的单细胞组织保护液，4°C 运输，48 小时内送达伯豪生物实验室。 |
1、肿瘤微环境；
2、自身免疫性疾病；
3、感染性疾病；
4、器官、骨髓移植；
5、抗体开发。
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| 序号 | 伯豪生物提供服务 | 文章名称 | 杂志 | IF | 年份 | 研究方向 |
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【服务】RNA-seq 【样本】细胞 | Combined targeting of GPX4 and BCR-ABL tyrosine kinase selectively compromises BCR-ABL+ leukemia stem cells | Molecular Cancer | 27.7 | 2024年 | 疾病机制 |
| 3 |
【服务】RNA-seq 【样本】细胞 | Mucosal-associated invariant T cells promote ductular reaction | EBioMedicine | 5.7 | 2024年 | 疾病机制 |
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