MEGA-10/MEGA-10

人有美图秀秀 我有生物秀秀

使用。 Q10：如何对多重比对序列进行排序？ A10：由于序列比对矩阵分值的不同，Clustalx 比对后的序列顺序会发生变化，解决比对后序列重新排序的问题，可以使用两个软件：（1）MEGA5 中的子程序 Alignment Explorer，点击下图中的红色箭头即可实现序列升/降排序；（2）直接用 MAFFT 软件比对，在输出格式选项设置输出序列顺序即可，详见《MAFFT 多重序列比对图解教程（By Raindy）》。 Q11：如何解决 Word 2007/2010 中打开

分子进化树构建及数据分析的简介

，可以用PHYLIP（写得有点问题，例如比较慢，并且Bootstrap检验不方便）或者MEGA.MEGA是Nei开发的方法并设计的图形化的软件，使用非常方便。作者推荐MEGA软件为初学者的首选。虽然多雪列比对工具ClustalW/X自带了一个NJ的建树程序，但是该程序只有p-distance模型，而且构建的树不够准确，一般不用来构建进化树。 构建MP树，最好的工具是PAUP，但该程序属于商业软件，并不对学术免费。因此，作者并不建议使用PAUP。而MEGA和PHYLIP也可以用来构建进化树。这里，作者推荐使用

手把手教你用 Fast Tree 快速构建序列进化树

下新建一个 FastTree 文件夹，将 FastTree.exe 程序放在 D:FastTree 目录下。FastTree 运行（Windows 为例）开始菜单—搜索—cmd切换目录到 D:FastTree最大似然树构建：FastTree protein alignment file > tree在目录 D:FastTree 生成.tree 文件，可以使用 TreeView 或 MEGA 打开。构建进化树时，可以选择不同的模型：命令行：D:FastTree>FastTree -lg CIPK