GW0072,321557-86-2

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GW0072

品牌：MedChemExpress (MCE)

货号：HY-118097

CAS：321557-86-2

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产品活性：GW0072是一种具有灵活离子特性的大分子 ligand，本研究通过针对性的分子动力学模拟了其进入核受体PPARc的配体结合域的过程。从 ligand 位于受体外的 apo-form 开始，模拟最终将 ligand 锁定在结合袋内，得到与 holo-form 非常接近的结构。结果显示，进入过程主要由疏水相互作用引导，并且进入和退出途径非常相似。我们建议 TMD 方法可能有助于区分通过 in silico docking 生成的 ligand。为了解决 ligand 进入过程的问题，我们报道了针对性的分子动力学（TMD）模拟，研究了 GW0072 配体与过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARc）的配体结合域（LBD）的结合。PPARc 是核受体超家族的成员，是许多疾病的重要试剂靶点。我们选择研究这个复合物，因为（i）GW0072 是一种大离子、高度灵活的配体，包括脂肪链和极性基团；（ii）先前的模拟已经定义了该配体的可能逃逸途径。从 apo-form 的受体（PDB.ID 1PRG，A链）开始，配体位于外部，TMD 模拟收敛于接近目标结构的 holo-form 复合物（PDB.ID 4PRG，A链），定义了一个与逃逸途径非常相似的进入结合袋的渗透途径。但在 GW0072 进入受体的过程中（图 5），螺旋非常移动，一旦配体放置在口袋中，AF-2 在剩余模拟期间变得更加僵硬（图 S1 在补充材料中）。这一发现与 Oberfield 等人 [12] 的观察结果非常一致，表明尽管没有直接与配体的相互作用，但配体在结合位点的存在稳定了 AF-2 的中间构象，这可能是 GW0072 作为部分激动剂的性质的原因。

生物活性：GW0072 是 PPARγ 的部分激动剂，不直接与 PPARγ 的 AF-2 螺旋结合，从而产生特定的部分受体转录激活特性[1][2]。

详情参考：http://www.medchemexpress.cn/gw0072.html

参考文献：

[1]. Ligand entry pathways in the ligand binding domain of PPARc receptor