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- 2026年04月23日
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- 文献和实验
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- 提供商：
百蓁生物
- 服务名称：
百蓁生物
服务介绍：
小分子（药物）与靶蛋白的结合区域分析对于验证靶点有效性、理解小分子（药物）作用机制等非常重要，可指导药物优化和加速药物的研发效率。氢氘交换质谱（HDX-MS)通过检测蛋白在小分子结合前后氢氘交换速率的变化来解析蛋白质构象变化的细微差异，确定小分子与蛋白质相互作用的关键区域，为药物研发、生物化学研究以及结构生物学等领域提供关键信息。相比传统的X-射线衍射或冷冻电镜的结构研究方法，HDX-MS具有灵敏度高、可操作性强等优势。
实验流程：
服务优势：
经验丰：20+项目服务经验
配体全：覆盖小分子、蛋白、多肽核酸
成果多：5篇+高分服务文章
案例：
中国科学院生物与化学交叉研究中心袁钧瑛课题组在Cell Discovery杂志发表Discovery of a cooperative mode of inhibiting RIPK1 kinase的研究文章，报道了一个全新结构的RIPK1激酶抑制剂Nec-34。氢氘交换质谱技术（HDX-MS）为本研究提供了Nec34与RIPK1的结合口袋的分析，通过HDX-MS分析发现Nec-34能够特异性的靶向RIPK1的activation loop, p+1 loop 以及catalytic loop形成的疏水口袋，该作用方式不同于所有已报道的RIPK1小分子抑制剂，其结合口袋是一个新型的可以靶向RIPK1的疏水口袋。该实验结果在高级结构层面支持了Nec34抑制剂与目标蛋白RIPK1结合。
图1. Nec-34靶向RIPK1的新型疏水口袋
图2. HDX揭示Nec-34靶向RIPK1的结合区域 (标红色方框)
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文献和实验材料蛋白：1STP软件：PyMOL (TM) 2.3.0（Edu）目的使用 pymol 展示配体分子与蛋白结合的模式步骤1. 蛋白导入此次选用的蛋白为 1STP 可以直接从 PDB 官网下载文件，或者直接在命令行框中输入 fetch 1stp2. 查看结构如下图所示，蛋白一般以 cartoon 模式展示，而小分子则是以 sticks 模式展示，周围环绕的红色点状物质为水分子。点击右下方红色框内 S 字母，在命令行框下方会显示出蛋白序列。拉动横轴，可以观察到绿色部位为蛋白序列，灰色为蛋白缺失部位
1 μ l 纯化的 DNA 结合蛋白（ 1mg/ml ） 4 μ l [ γ -32 P]ATP （ 13 μ Ci ） 1.3 μ l 2． 将反应液混合物分成 125 μ l 的两个部分，记为 A 部分和 B 部分。 B 部分将被用于动力学实验。 3． 在 6 个干净管中各加入 20 μ l A 部分
NSMB：徐华强 / 谢欣 / 蒋轶发现孤儿受体 GPR119 内源性配体的分子机制
119。研究发现，在不加任何外源配体的情况下，GPR119 即能结合细胞膜中的溶血磷脂酰胆碱（lysophosphatidylcholines，LPC）并被其激活，完美解释了一些受体的所谓「自激活」现象其实是由未知内源配体导致。研究还解析了 GPR119 与临床阶段小分子候选药物 APD668 复合物的冷冻电镜结构，并阐明了受体偶联下游 Gs 信号蛋白的分子机制。 为了研究 GPR119 的结构，研究人员从昆虫细胞中表达纯化了人源 GPR119 受体和 Gs 蛋白三聚体的复合物样品，并在未加入小分子配体
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