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文献和实验ChIP数据分析:ChIP结果图来PK,谁才是发文的香饽饽?
上下游的reads覆盖深度,红色表示覆盖深度高、目的蛋白结合多。我们在不少文献中都可以看到这张图,既可以完整展示,也可以部分展示。 两组样本(蓝色和橙色)组蛋白修饰H3K27ac分布,同一基因(位点)在一组中修饰程度较高,而在另一组中修饰程度较低。(图片来源:TMPRSS2–ERG fusion co-opts master transcription factors and activates NOTCH signaling in primary prostate cancer)
启动子 H3K36me3 活化 基因体 H3K79me2 活化 基因体 H3K9Ac 活化 增强子、启动子 H3K27Ac 活化 增强子、启动子 H
Dev Cell:刘光慧 / 张维绮 / 曲静合作揭示胎盘基因的异常激活是人类细胞衰老的驱动力
衰老的关键驱动力和分子标志物。该研究加深了人们对衰老程序化的认识,同时也为衰老的科学预警、衰老相关疾病的防治提供了潜在的评估策略和干预靶标。 该研究基于团队前期创建的人类干细胞衰老研究体系,综合运用 DamID-seq、Hi-C、ChIP-seq(H3K9me3、H4K20me3、H3K27me3、H3K4me3、H3K36me3、H3K27ac、H3K4me1)、ATAC-seq 和全基因组 DNA 甲基化测序(WGBS)等多维技术系统地绘制了人干细胞衰老过程中跨尺度、多层次、高分辨率的表观
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