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文献和实验of H3K4me3 Modification in Cotton Using CUT&Tag 为题发表在 Plant Methods 上。 1.研究过程 该研究以棉花为模型系统,棉花植物(棉属)带有种皮毛(棉纤维),是全世界重要的商品。由于 ChIP-Seq 对起始量需求高( 20µg 染色质),棉纤维中表观基因组修饰的概况分析比较困难。关雪莹教授团队在这次研究中使用了 CUT&Tag(Vazyme #S602/S603),仅需要常规ChIP策略所需原料的约
,那么我们从这一张图,就能判断ChIP测序是否成功,钱花得值不值。 更有意思的是,我们在多个H3K4me3的ChIP测序项目中都观察到了相似Peak分布图:TSS附近出现非常明显的结合峰,长度约2kb。 (项目KC2018-CXX,动物组蛋白H3K4me3) (项目KC2018-CXX,动物组蛋白H3K4me3) (项目KC2018-CXX,植物组蛋白H3K4me3) (项目KC2018-CXX,植物组蛋白H3K4me3) 这与文献中
Active Motif ChIP 实验专家技术经验分享:如何判断 ChIP 成功与否?
对照转录因子)或 H3K4me3 的 ChIP(用于对照组蛋白修饰)。即使确定抗体可以用于做 ChIP,但对于目的细胞样本,如果之前没有做过,而且不确定目的蛋白结合的区域,一般也可以用别人报道过的对照细胞株作为对照,与目的细胞样本同时做 ChIP,确定 ChIP 是否成功。第二,整个实验是否真的 work?也就是如何排除假阳性?这就需要做阴性对照。阴性对照包括阴性对照抗体 IgG 和阴性对照区域(即阴性对照引物)。阴性对照 IgG 用于排除目的蛋白结合的 DNA 区域是抗体非特异性结合的,区域对照
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