7-丙炔基氨基-7-去氨基-7-脱氧腺苷三磷酸-DY-485

基于极性与非极性氨基酸的“二元组图” 进行蛋白质设计

中的所有序列具有同样的极性和非极性残基图形。遗传代码（图 9.2 ) 的组成分布使得这种序列简并性成为可能。简并密码 NTN 编码非极性氨基酸残基，而简并密码 NAN 编码极性氨基酸残基（N 表示 A、G、 T、C 的混合物；见 9.2.2 节中相关密码子的利用）。利用这些简并密码子，非极性位 置上的氨基酸可以是苯丙氨酸（Phe)、亮氨酸（Len)、异亮氨酸（lie )、甲硫氨酸 (Met) 或者缬氨酸（Val)；而极性位置的氨基酸则是谷氨酸（Glu)、谷氨酰胺 (Gin)、天冬氨酸（Asp

位点特异性核酸内切酶的蛋白质工程

- 磷酸骨架相互作用）的密切配合。典型地，在限制性酶和识别序列的碱基之间，除了无数与碱基接触形成的范德华力，和有些是靠水做中介的与骨架作用形成的氢键外，还形成了 15~20 个氢键。这意味着识别是多因素决定的和冗余的。因而，通过理性蛋白设计来改变限制性酶的特异性，由于这些原因而不容易成功。因为必须一次改变几个接触，并替换一个以上的氨基酸残基 [2]。而且，在大多数限制性酶中，涉及识别的氨基酸残基位于很接近负责催化的残基位点。虽然这保证了识别与催化的紧密耦合，但一直是蛋白质工程的大障碍（见参考

中英文对照表（d）

system|[染色体组型]丹佛体制       deoxyadenosine|脱氧腺苷       deoxyadenosine moniphosphate|脱氧腺苷（一磷）酸       deoxyadenosine triphosphate|脱氧腺苷三磷酸       deoxyadenylate|脱氧腺苷酸       deoxyadenylic acid|脱氧腺苷酸       deoxycholate|脱氧胆酸盐       deoxycorticosterone|脱氧