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Visium HD单细胞空间基
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云准科技
Visium HD单细胞空间基因表达解决方案
在生命科学领域,空间基因表达一直是关注的焦点,空间转录组技术使 科学家们能够更精确地区分和表征组织内的细胞多样性和疾病状态。Visium以55μm的分辨率开启了划时代意义的空间转录组研究,而Visium HD作为新的技术版本,能获得2μm单细胞分辨率的空间转录组表达信息,并通过基于探针的Visium CytAssist技术进行准确定位,为生物学和医学研究打开高清的全新视野。
Visium HD空间转录组技术介绍
Visium HD能够在单细胞分辨率上进行全转录组空间分析,通过CytAssist从载玻片的组织上,将转录组探针对转移到Visium HD芯片的对应捕获区域,之后进行探针延伸并建库。Visium HD芯片有2个6.5 x 6.5mm捕获区域,由约1100万个2µm x 2µm的空间条形码方阵组成,方阵里有连续排列 的寡核苷酸序列,方阵之间没有间隙,实现全组织覆盖。获得数据 根据不同细胞大小选择合适的最小分析单位( 推荐合并为8µm x 8µm),用于可视化和后续分析。
基于Visium HD基因表达探针的文库
测序推荐的最小深度是275M reads,目前兼容人和小鼠的FFPE样本。
Visium HD技术优势
Visium HD数据展示
下面展示的是使用人乳腺导管原位癌FFPE样本通过Visium HD分析,建立了一个无偏的全转录组图谱。Visium HD芯片结合CytAssist精确定位免疫细胞或癌症细胞等组织相关的细胞群,并确定了这些关键细胞在肿瘤微环境中的状态,用以发现它们之间的相互作用和对疾病以及治疗所产生的影响。
图1 A) HE染色的人乳腺DCIS组织FFPE样本。B) 基于Louvain算法的聚类分析。C)HE和聚类的叠加确定了预期位置的几个主要细胞类型。D) 乳腺腺和肌上皮细胞簇模拟了HE鉴定的导管区域中这些细胞的不同空间定位,这些乳腺上皮细胞被免疫和成纤维细胞簇包围。E) UMI图模拟了HE图像中的几个组织特征,并如预期呈现了导管细胞中高转录本的密度
图2 黑色箭头表示HE人乳腺DCIS组织FFPE样本图像中的血管,以及血管中平滑肌细胞的标记基因MYH11和PLN的正确定位
图3 HE与病理学注释叠加显示DCIS(黄色轮廓)和富含红细胞(青色轮廓)区域。几种免疫细胞类型(血浆、T、B、自然杀伤细胞、肥大细胞、巨噬细胞和树突状细胞)的空间分布。血浆、T细胞和巨噬细胞标记基因在DCIS周围富集,如HE注释所示。HE的重叠区域显示免疫富集区域和浆细胞的标志物JCHAIN技术对比
云准科技Visium HD技术服务全新上线,如果您有空间转录组需求,欢迎与我们联系。
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