手机验证
询价列表
暂时没有已询价产品
微信扫一扫分享
分享到新浪微博
分享到丁香园论坛
m7G+m3C AlkAnil
企业认证
RNA表观遗传修饰在转录后水平调控基因表达,显著影响RNA的性质。迄今为止,已经鉴定了150多种不同的RNA修饰,其中最常见的是N1 -甲基腺苷( m1A )、3 -甲基胞苷( m3C )、5 -甲基胞嘧啶( m5C )、N6 -甲基腺苷( m6A )和N7 -甲基鸟苷( m7G )修饰。m7G修饰是RNA鸟苷酸第七位N上的甲基化修饰,广泛存在于mRNA、rRNA、tRNA、sRNA、微小RNA ( miRNA )和长链非编码RNA ( lncRNA )中。对维持RNA的加工代谢、稳定、出核以及蛋白质翻译具有重要作用。m3C RNA甲基化是在RNA胞嘧啶(C)的第3位N上发生甲基化的一种修饰(3-methylcytidine,m3C)。目前研究发现,m3C RNA修饰存在于mRNA、tRNA、rRNA中,但是对m3C的形成机制和功能仍然知之甚少。云序生物m7G/m3C RNA甲基化测序服务(AlkAniline-Seq),可同时对m7G和m3C修饰进行高通量检测和单碱基定位。此外,云序生物针对m7G/m3C RNA甲基化开发了多款产品,可实现对mRNA、lncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的m7G和m3C甲基化修饰水平的全面检测。技术简介AlkAniline-Seq的发现首先源于诱导含有m7G RNA切割的传统化学方法。该方法包括以下三个步骤:①碱水解使RNA片段化m7G甲基化在碱性条件下,会受到氢氧根离子的亲核攻击,最终会导致开环、碱基消除和碱性位点的产生;用于input对照样品在进行随机片段化后,直接加接头,建库测序。②碱性磷酸酶去除磷酸基团,将所有的片段末端转换为羟基碱性磷酸酶用来修复RNA片段末端,以去除RNA中预先存在的5’-磷酸集团和碱性水解产生的所有形式的3 ' -磷酸集团,这使得处理获得的所有DNA片段都含有5’-和3’-OH末端③苯胺裂解RNA链在对RNA片段进行广泛的去磷酸化处理后,苯胺通过m7G裂解产生的碱性位点水解RNA,通过苯胺裂解过程中产生的5’-磷酸作为筛选文库制备的关键因素,从而达到特定位点富集的目的。④加接头,构建cDNA文库并测序,进行生物信息学分析,鉴定修饰位点实验流程图如下:
技术优势单碱基分辨与传统的RNA-seq方法不同,AlkAniline - Seq为高通量深度检测RNA修饰提供了新的思路:特定的化学反应使得RNA片段在修饰位点N+1处发生断裂,从而导致N+1处RNA片段的产生,并且这些片段被选择性的转化为测序文库,大大提高了方法的特异性与敏感性。
假阳性低研究人员采用AlkAniline-Seq对大肠杆菌tRNA的应用成功地检测到所有已知的m7G位置,没有任何假阳性命中,表明了AlkAniline-Seq的低假阳性。
可实现低丰度RNA检测甲基化修饰位点研究人员进一步将AlkAniline-Seq 应用于人细胞质和线粒体rRNAs和tRNAs。以总RNA为起始材料,研究人员建立了这些RNA分子中m7G、m3C和D位点的完整图谱。因为一些低丰度的RNA仅以pg的数量存在,这一全面检测更加说明了该方法的异常敏感性。一次测序,两种修饰(同时检测m7G与m3C位点)通过对人类细胞质和线粒体tRNA的分析显示,可以同时检测到m7G位点、m3C位点和以及D位点,由于这些修饰的核苷酸来自不同的亲本,因此当reads对齐时,很容易区分开,实现一次检测,即可获得至少两种修饰结果。
全分子覆盖(lncRNA,mRNA,tRNA,rRNA等)AlkAniline-seq依赖于基于化学的正富集结果文库中的reads,避开了RNA传统化学测序方法的缺点,降低了背景噪音以及信号错误率,具有较高的信噪比,可实现低丰度、全分子测序。云序生物AlkAniline-Seq 相关产品m7G+m3C AlkAniline-Seq全转录组测序同时检测m7G+m3C甲基化的环状RNA,LncRNA和mRNA
m7G+m3C AlkAniline-Seq mRNA测序
检测m7G+m3C甲基化的所有mRNA
m7G+m3C AlkAniline-Seq lncRNA测序同时检测m7G+m3C甲基化的LncRNA和mRNA
m7G+m3C AlkAniline-Seq pri-miRNA测序
检测m7G+m3C甲基化的所有pri-miRNA
m7G+m3C AlkAniline-Seq tRNA测序检测m7G+m3C甲基化的所有mRNAm7G+m3C AlkAniline-Seq rRNA测序检测m7G+m3C甲基化的所有rRNA样本要求:样品类型 细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 样品量a) 细胞:1×107 b) 组织:500 mg - 5gc) RNA:100 μg - 300 μg (OD260/280:1.6-2.3; RNA无明显降解) 样品运输及保存样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。云序生物服务优势单碱基分辨可同时对m7G和m3C甲基化修饰进行单碱基精确定位。高通量检测可对全转录组范围内的m7G和m3C位点进行高通量地平行检测。全分子覆盖可全面地对mRNA、lncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的m7G和m3C位点进行检测。一站式服务客户仅需提供组织或细胞,云序生物一站式完成RNA抽提,样品预处理,建库,测序,数据分析全套流程。专业的生物信息学分析专业的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求
风险提示:丁香通仅作为第三方平台,为商家信息发布提供平台空间。用户咨询产品时请注意保护个人信息及财产安全,合理判断,谨慎选购商品,商家和用户对交易行为负责。对于医疗器械类产品,请先查证核实企业经营资质和医疗器械产品注册证情况。
马上登录 或注册,即可保存询价历史