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6rxn
riboPOOL 6 reactions probes (human/mouse/rat ribo-seq)
1年
蓝景科信
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ribo POOL 灵活高效的去除核糖体RNA
核糖体RNAs(rRNA)约占RNA-Seq数据读取量的90%,去除后可大大节省RNA-seq的测序成本。
riboPOOL可以高效和特异性地去除rRNAs,适合各种模式和非模式物种或RNA序列。
产品特点:
种类丰富:丰富的成品型目录可供选择,目录持续更新中;目录以外物种或RNA可以定制
工作流程快:一步法,完整工作流程仅用时70min
起始量范围广泛:在100 ng到5μg的RNA起始量之间都有很好的去除效率
针对特殊应用定向优化:ibosome profiling样本;环境转录组学(如土壤、污泥)
高效的去除:去除效率高,结果稳定可重复
搭配灵活:兼容各种RNA纯化和RNA建库方法
探针法:没有酶切偏好,可以均一的覆盖转录本;无打断样本风险;适用于无polyA结构的RNA(如snoRNA,LncRNA, 组蛋白)
兼容多种下游分析方法:如RNA-Seq、微阵列分析和实时定量PCR等
可混合使用:客户可根据样本的组成比例,混合使用2-4种riboPOOL,如病原体感染的人体组织(人源+原核通用型)、人血液样本(人源+人血珠蛋白)、植物微生物群研究(植物通用型+原核通用型)
目录 成品型 riboPOOLs
通用型riboPOOLs | 真核生物riboPOOLs |
003 原核通用型 | 005 酿酒酵母 |
026 细菌通用型 | 006 丝状真菌 |
031 植物通用型 | 007 果蝇 |
032 鸟类通用型 | 008 拟南芥 |
027 古细菌通用型 | 009 水稻 |
035 放线菌通用型 | 010 斑马鱼 |
041 哺乳动物通用型 | 011 堡礁海绵 |
044 海绵通用型 | 014 丝毛鼠(龙猫) |
050 人鼠Ribo-seq | 017 蛤蜊 |
053 人鼠高质量样本 | 019 毕氏酵母 |
056 人鼠(低质量/FFPE样本) | 020 珀蝽 |
原核生物riboPOOLs | 024 玉蜀黍黑粉菌 |
004 大肠杆菌 | 028 涡虫 |
012 枯草芽孢杆菌 | 029 家蚕 |
013 新月柄杆菌 | 030 扁虱 |
015 产气荚膜梭菌 | 033 石藻 |
016 盐富饶菌 | 047 伊蚊 |
018 铜绿假单胞菌 | 059 裂殖酵母 |
021 金黄色 葡萄球菌 | 060 鸡 |
022 沙门氏菌 | 061 果蝇(降解样本) |
023 寡氧单胞菌 | 062 线虫 |
高丰度mRNA | 063 牡蛎 |
025 人血珠蛋白 | |
034 Poly-A | |
038 SARS-CoV-2 |
riboPOOL 工作流程:
实验数据:
ribo POOL 有效起始量范围(100ng-5ug)
ribo POOL 可混合使用(复合型)
复合型ribo POOL,可根据客户样本组成混合2-4种成品型riboPOOL。
测试样本为(a)SW48 细胞 (人源), NIH3T3细胞 (小鼠)和DH10B株大肠杆菌RNA混合物。
实验比较(b)单独使用人源、鼠源、原核通用型riboPOOL和(c)使用复合型riboPOOL(由1:1:1的人源、鼠源、原核通用型riboPOOL混合构成),两者均可有效去除1μg RNA混合样本中的rRNA.
rRNA的去除效率用生物分析仪,或rtqPCR分析评估(用rRNA或GAPDH(管家基因)特异性的引物进行实时定量PCR )。
为了从含有多个物种的样本中去除rRNA,或为便于在包含多个物种的样本中使用一种试剂盒,可以使用组合riboPOOLs。这些可由客户指定以一定比例进行组合,至多可实现四种现成riboPOOLs的混合物。对高质量RNA样本的内部测试显示,组合riboPOOLs(人类/小鼠/泛原核生物)从人类、小鼠和大肠杆菌RNA中去除rRNA的表现与物种特异性 riboPOOLs效果类似。然而,siTOOLs不能确保组合riboPOOLs在所有样品类型中具有相似的去除效率,因为去除效率也高度依赖于样品的质量。
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