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蓝景科信
DNA亲和纯化测序(DAP-seq)
1个样本+1个转录因子
DNA亲和纯化测序(DAP-seq)
高通量检测转录因子或DNA结合蛋白在基因组上的结合位点
在功能基因组学和表观遗传学研究中,转录因子结合位点(transcription factor binding sites,TFBS)的发掘一直是研究热点。传统的染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)方法,在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS,然而,好抗体可遇而不可求,而且植物种类抗体本就不够齐全,这在很大程度上限制了ChIP-seq技术更广泛的应用。
2016年,O'Mally RC 等人在Cell上发表了使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术,快速绘制转录因子调控靶向DNA区域图谱的文章。2017年,Bartlett A 等人在Nature Protocol上发表了DAP-seq的实验方法。
DAP-seq技术的出现,使TFBS的研究不再局限于物种,不再受抗体质量的限制,为生命科学领域转录因子的研究提供了新的有效工具,特别是植物方面的研究。
蓝景科信可为您提供DAP-seq全流程技术服务和个性化数据分析。目前,我们已有100多个物种,1000多个转录因子的实战经验。
已做物种:拟南芥、烟草、水稻、小麦、玉米、大豆、棉花(陆地棉)、苜蓿、高粱、大麦草、百脉根、黄瓜、菜心、荔枝、香蕉、葡萄、苹果、柑橘、甜橙、桃、甜瓜、甘蔗、樱桃、芍药、枣、核桃、毛果杨、胡杨、油松、毛白杨、大青杨、白桦、光皮桦、欧洲云杉、柳、麻风树、金银花、丹参、木薯、地钱、飞蝗 等。
已做转录因子(部分):bHLH、BES1、GATA、ARF、ERF、bZIP、C2H2、GRAS、DREB、EIN3、WRKY、AP2、NAC、TCP、G2-like、HD-Zip、MADS、MYB、NFY、RAV、SPL、WOX、CAMTA、BZR、SBP、Co-like、Dof 等。
更多技术服务:
1. DAP-seq与RNA-seq联合分析:分析转录因子的靶基因在RNA-seq数据中的表达变化,深入挖掘DAP-seq和RNA-seq测序数据,增加转录组测序的分析深度。
2. 凝胶阻滞实验(EMSA):DAP-seq后续验证服务。
3. DNA pull down:鉴定与DNA结合的蛋白。
4. Halo pull down:检测已知蛋白质之间的相互作用,鉴定与已知蛋白相互作用的未知蛋白。
5. 重组蛋白表达:
6. 被子植物353个单拷贝核基因靶向捕获测序服务:为研究被子植物的系统进化和分类、植物适应性机制、种群进化历史、种群的结构、基因渗透和漂移提供高效的整体解决方案,且适用多种样本类型。
7. 微生物鉴定与微生物多样性测序:对环境中优势物种、稀有物种及未知的物种进行检测,分析样品中微生物的群落组成及它们之间的相对丰度。
DAP-seq文章集锦:
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O'Malley RC, Huang SC, Song L, Lewsey MG, Bartlett A, Nery JR, Galli M, Gallavotti A, Ecker JR. Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape. Cell. 2016. 165(5):1280-1292. doi: 10.1016/j.cell.2016.04.038.
Bartlett A, O'Malley RC, Huang SC, Galli M, Nery JR, Gallavotti A, Ecker JR. Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq. Nat Protoc. 2017. (8):1659-1672. doi: 10.1038/nprot.2017.055.
Yao J, Shen Z, Zhang Y, Wu X, Wang J, Sa G, Zhang Y, Zhang H, Deng C, Liu J, Hou S, Zhang Y, Zhang Y, Zhao N, Deng S, Lin S, Zhao R, Chen S. Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H+-ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance. J Exp Bot. 2020. 71(4):1527-1539. doi: 10.1093/jxb/erz493.
Liang S, Gao X, Wang Y, Zhang H, Yin K, Chen S, Zhang M, Zhao R. Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling. Biochem Biophys Res Commun. 2020. 526(4):1100-1105. doi: 10.1016/j.bbrc.2020.04.011.