手机验证
询价列表
暂时没有已询价产品
微信扫一扫分享
分享到新浪微博
分享到丁香园论坛
全基因组DNA甲基化水平
企业认证
点击 QQ 联系
上海信帆生物科技有限公司
DNA甲基化是基因组DNA的一种主要表观遗传修饰形式。近年来,大量研究表明DNA甲基化修饰对于维持正常细胞功能、传递基因组遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生,起着至关重要的作用。甲基化研究成为表观遗传学的热点,相应的技术也是层出不穷,根据实验目的的不同,这些技术大体能够分成两类:全基因组(高通量)甲基化研究技术以及特异性甲基化位点(低通量)研究技术。全基因组DNA甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是采用重亚硫酸盐处理DNA使其未甲基化修饰的胞嘧啶C转化为尿嘧啶U,通过对处理后的DNA结合Illumina高通量测序平台进行全基因组重测序,并与参考基因组进行比对,在全基因组水平上实现单碱基分辨率,精确评估单个 C 碱基的甲基化水平,进而构建精细的全基因组DNA甲基化图谱。WGBS被广泛应用于人类疾病与动植物研究中,如细胞分化、组织发育等基础机制研究,以及动植物育种、人类健康与疾病治疗等研究领域。特点:
快速、精准找到差异甲基化区域 检测范围广,实现全基因组水平上甲基化研究 稳定高效的项目流程 周期短,有竞争力的价格优势标准分析 原始数据质控 比对到参考基因组 甲基化位点识别 甲基化水平分布趋势:CpG、CHG、CHH甲基化分布比例;CHG/CHH甲基化C附近9bp的序列分析;染色体水平甲基化密度分布;全基因组甲基化图谱;不同基因组区域/基因原件甲基化分布 多样本甲基化差异分析:聚类分析;GO分析;KEGG分析高级分析 差异表达基因的甲基化水平 差异表达转座子的甲基化水平 甲基化修饰与表达调控关系 甲基化基因和非甲基化基因的表达分析。全基因组甲基化水平 每一个甲基化 C 碱基的甲基化水平均按如下公式进行计算:C 位点的甲基化水平 = 100 * 支持甲基化的 reads / (支持甲基化的 reads + 支持非甲基化的 reads)。全基因组平均甲基化水平-反应了基因组甲基化图谱的总体特征。以下图为示例,反映了样本的整体甲基化率分布, X 轴表示不同的甲基化率范围,Y 轴表示不同甲基化率范围内 C 位点数目的百分比。可以看出低甲基化C 位点比例较高。后续分析均采用 5X 以上 C 位点。全基因组C碱基的平均甲基化水平 不同分布类型的甲基化C 位点(mC)在不同物种基因组中出现比例不同,因此,各类型甲基化C 位点( mCG、mCHG 和 mCHH ) 的数目,及其在全部 mC 的位点中所占的比例 ( 例:mCHG 所占比例= mCHG 数目/mC 的总数 ),在一定程度上反映了特定物种的全基因组DNA 甲基化修饰特征。
风险提示:丁香通仅作为第三方平台,为商家信息发布提供平台空间。用户咨询产品时请注意保护个人信息及财产安全,合理判断,谨慎选购商品,商家和用户对交易行为负责。对于医疗器械类产品,请先查证核实企业经营资质和医疗器械产品注册证情况。
马上登录 或注册,即可保存询价历史