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Active Motif ChIP 实验专家技术经验分享：如何判断 ChIP 成功与否？

/20 ug=0.5%）作为对照。ChIP 结束之后，将 5% Input DNA，H3K4me3 ChIP DNA 以及 IgG ChIP DNA 纯化之后都溶解到等体积的水、10 mM Tris pH 8.0 或 TE buffer 中。分别设计目的区域 A，阴性区域 B 和阳性区域 C 的引物。 引物扩增片段大小以小于超声后 DNA 大小为宜（一般设计 70～200 bp），因为扩增片段太大，上下游引物结合的模板有可能不是位于同一个 DNA 片段上，导致扩增效率较低，甚至会影响真实富集度。准备

qPCR（RT-PCR）数据相对定量的分析方法与经验

为2，B基因-△△Ct为4，两者相差2，经过2的幂运算之后，A基因为4，B基因为16，两者相差12！ • 相对定量本身就存在放大的情况，若是再采取2^-△△Ct就只能说看看趋势而已了，所以我在这里给大家推荐ABi官方的一个分析方法，就是log2R，就是log2为底对R求对数。当相对定量分析时，默认扩增效率E趋近或等于100%，这时候R就是2^-△△Ct，当然原本的R的公式我会在后面附上，感兴趣的朋友可以自己去推导。 所以，我用的方法就是只计算到-△△Ct这一步就够了，这样得到的数据

没有 CT 值，我的 QPCR 实验失败了吗？（上）

基线，如果把扩增反应比作一场跑步比赛，阈值线是终点的话，那就需要把起点也拉到同一位置才有可比性。因此，我们看到从 A 图到 B 图，图谱的纵坐标轴从 Rn 变成了 ΔRn，起始循环的数值也从 800 左右变成了 0，就是扣除了基线的结果。在扣除了基线的图谱上（图 1B），软件画出一条穿过扩增曲线指数增长期与横坐标轴平行的线就是阈值线了，这条阈值线与扩增曲线相交，就产生了 CT 值。 图 1 扩增曲线中的重要概念 解释完了 CT 值是如何产生的，接下来我们就通过几个案例来分析一下造成定量数据没有