“N 6-腺苷酸甲基化(N 6-methyladenosine, m6A),作为RNA重要的表观修饰方式之一,在近年受到很高的重视,成为国自然的热门和CNS期刊的热点,是真核生物mRNA和lncRNA上最丰富的一种修饰,参与细胞分化、胚胎发育、环境应激和各种疾病的发生发展等过程。
目前,meRIP-Seq是检测RNA上 m6A高频发生区域的高通量测序技术,华银康集团现已推出最前沿的微量m6A-meRIP-Seq测序技术,RNA起始量低至20μg,完美兼容组织、细胞等多种样品类型。”
技术介绍
m6A是转录后调控中重要的表观遗传修饰方式,该甲基化过程通过Writers(m6A甲基转移酶)、Erasers(去甲基化酶)和Readers(m6A 甲基化阅读蛋白)的调控作用在腺嘌呤A的第6位氮原子上,具有影响基因表达、RNA剪接、RNA稳定和蛋白翻译等功能。
meRIP-Seq是目前分析m6A修饰分布的最常用测序技术,该方法将抗体依赖性m6A修饰区域富集与高通量测序相结合,可以高效地在全转录组范围内检测m6A的存在。
应用方向
构建全转录组m6A修饰图谱
识别m6A修饰富集区域及其关联基因
分析m6A修饰差异区域及其关联基因
与转录组、翻译组、蛋白组等组学数据关联分析,挖掘m6A影响基因功能的具体机制
技术优势
样品起始量低
Total RNA起始量低至20μg
全转录组信息覆盖
获得全转录组范围m6A修饰富集区域及其关联基因信息
先进的测序平台
采用DNBSEQ技术测序平台,结果更可靠
一站式服务
提供样品处理、建库、测序和分析的全套服务,更可以提供多组学联合分析
送样建议
样本来源:人、大鼠和小鼠(其他样本类型请咨询)
新鲜或冻存组织样本≥10mg
新鲜或冻存细胞系样本≥107cell
RNA总量≥20μg,浓度≥200ng/μL
技术流程
实测数据
meRIP-Seq motif分析结果
meRIP-Seq与RNA-Seq关联分析四象限图
Metagene plot
部分实测数据展示
经典案例
本文利用m6A-meRIP-Seq技术获得了21个胎儿组织m6A分布图谱,确定了m6A的组织间差异以及这种差异对组织特异性基因功能的影响,证明m6A与组织内关键基因稳定性正相关。
除了mRNA,本文还详细报道了lincRNA中m6A分布特点,发现增强子lincRNA富含m6A修饰;组织上m6A修饰区域通常富含与常见疾病数量性状和复杂性状表达相关的SNP,这可能会影响m6A修饰;最后,发现m6A修饰优先占据富含CpG启动子的基因。总之,本研究揭示了m6A过程受到遗传变异和启动子的广泛调节,以及在人类发育和疾病中的广泛参与而起到重要作用。
图1 不同m6A修饰关联基因表达比较
图2 lincRNA内m6A修饰表现出与mRNA截然不同的分布特征
图3 通过比较DNA甲基化、METTL3 TAP ChIP-Seq和meRIP-Seq数据,发现多个m6A富集基因的启动子区内CpG岛和METTL3富集区域一致,提示RNA的转录后修饰可能与其他的表观遗传调控机制存在关联,也提示了meRIP-Seq数据与其他组学数据进行多组学分析的重要性
参考文献: Xiao S, Cao S, Huang Q, et al. The RNA N6-methyladenosine modification landscape of human fetal tissues[J]. Nature cell biology, 2019, 21(5): 651-661.
--------------------高通量测序检测中心--------------------
中心定位于科研服务与临床医学转化应用,围绕基础科研和临床检测两大板块,
致力于生物医学各领域的相关研究与测序大数据联合分析,
为各大高校、医院和科研单位提供
医学科研项目的方案设计、测序实验和数据分析为一体的一站式服务
以及快速精准的临床检测服务,
以成为业内前沿的高通量测序服务中心为目标。
目前,我司高通量测序中心拥有Illumina和MGI等高通量测序仪组成的大规模高通量测序服务平台,
科研服务可提供涵盖
基因组学、转录组学(外泌体)、表观组学、单细胞组学、微生物组学、免疫组库、代谢组学、蛋白组学和多组学关联分析
等组学基础研究服务和高级生物信息分析;
临床服务包括
遗传性肾病基因检测、血液肿瘤基因检测、实体瘤基因检测、感染性疾病病原体检测等服务。
如需了解更多有关高通量测序相关信息,欢迎拨打我司高通量全国服务热线:
020-38917402、020-38917464
邮箱:
huayinngs@huayinlab.com
官网:
www.huayinlab.com
微信公众号: