产品及特点
目前最常见的替代 EB 的核酸染料 SYBR Green I(属于花青类染料)虽然毒性比
EB 低、灵敏度比 EB 高,但由于其化学稳定性差(怕光、怕水、怕热),实验结果的重
复性差;此外,SYBR Green I 在电泳过程中能在 DNA 分子间移位,使 DNA 条带模
糊和扭曲,使得电泳清晰度和分辨率不如 EB。所以在实际应用中依然不能有效替代 EB。
本产品是同时具有 EB 稳定性和 SYBR Green I 低毒性的新性核酸染料,其特点如下:
1. 低毒。其主要成分未发现对人体有致癌性、未被列入有毒有害品,有利于保护使
用者的健康和保护日益恶化的环境。
2. 灵敏。检测灵敏度跟 EB 相当,能满足常规核酸电泳实验要求。
3. 稳定。对光、水和热的稳定性跟 EB 相当,可加入琼脂糖凝胶中反复熔化。
4. 无分子间位移现象。不会出现 SYBR 染料常见的条带模糊和扭曲现象。
5. 使用方法多样。既可以加入熔化的胶中,也可以电泳后染色,还可用于 PAGE。
6. 跟各种常用的核酸电泳缓冲液(如 TBE、TAE)兼容,但在 TBE 中背景最低。
7. 观察时可以使用现成的观察 EB 的 300nm UV 紫外仪。
8. 既可用用于 DNA 电泳染色,也可用于 RNA 电泳染色。
9. DNA 或 RNA 浓度较高时还可以直接在日光下观察(需要将胶放在黑色背景下)。
由于避免了 UV 对 DNA 的伤害,尤其适用于胶回收实验。
运输及保存 常温运输,4℃保存,有效期一年。
自备试剂 电泳缓冲液和琼脂糖凝胶
使用方法 注意:虽然本产品的主要成分未发现对人体有致癌性、未被列入有毒有害品,但操作时
最好还是戴上塑料手套。
使用方法之一:电泳中染色 DNA(RNA 的染色跟 DNA 完全一样)。
本方法是将本产品直接加入溶化的凝胶中使用,只适用于琼脂糖凝胶电泳,不适用于
PAGE。
1. 将本产品直接加入到融化的琼脂糖凝胶中,每 100mL 凝胶加 5 uL 本产品(如果
用 TBE 缓冲液)或电泳染色,混合均匀后倒胶。琼脂糖凝胶中不能含任何其他染
料(如 EB 和 SYBR Green I,否则会相互干扰)。注意:一定要保证琼脂糖彻底
熔化,尤其是在第一次熔化胶的时候,否则未熔化的小颗粒将产生跟染料相同的荧
光。
2. 将 DNA 样品与 DNA 上样液按比例混合后上样。注意:一定要使用不含 SDS 等去
污剂的上样液,否则 SDS 会跟染料结合,极大地降低灵敏度。
3. 上样后电泳,电泳参数同常规的电泳。
4. 电泳结束后在 300 nm 左右 的 UV 下观察。注意:不要使用波长为 260 nm 或
360 nm 的 UV,否则检测灵敏度会降低。如果 DNA 或 RNA 浓度较高,还可以直
接在日光下直接观察(需要将胶放在黑色背景下),避免 UV 对 DNA 的伤害,尤其
适用于胶回收实验。
注:显色结果:在紫外下,DNA 浓度非常高的时候是白色,浓度低的时候是绿色的,
单链核酸有时是红色的。
使用方法之二:电泳后染色 DNA
本方法是在电泳后对 DNA 进行染色,适用于琼脂糖凝胶电泳和 PAGE。但该方法需要
单独的染色处理,染料用量较大,不推荐用于琼脂糖凝胶的染色。
1. 按照常规方法进行电泳。
2. 用去离子水将本产品稀释 500 倍后(100 mL 水需要加 0.2 mL 本产品),将凝胶
放入,室温下摇晃染色 30 分钟(对琼脂糖凝胶)或 15 分钟(对 PAGE)。
3. 用水脱色 10-30 分钟,具体时间需根据背景强弱决定,其余同方法一。
注意:电泳后染色液可以反复使用次数。
疑难解答
Q:本产品可否用于 RNA 染色?
A: 可以,不论 RNA 是在甲醛变性胶中电泳,还是在普通的 TBE 或 TAE 胶中电泳,
RNA 染色后在 300nm 下都跟 DNA 一样呈绿色,
Q:本产品是否可以加入上样液中进行染色?
A:不行,本产品只能直接加入凝胶中进行染色或电泳后再染色。
Q:为何前端(靠近正极)的 DNA 条带很淡或根本看不见?
A:跟 EB 一样,电泳时本产品朝负极方向移动,当前端的 DNA(最小片段)进入没有
本产品的区域时,已经结合的染料分子会逐渐从 DNA 分子上脱落,所以条带会变淡
或根本看不见。解决办法之一是缩短电泳时间或电泳后再染色;之二是在每 100 mL
电泳缓冲液中补加 3-5uL 染料。
Q:本产品在哪种缓冲液中效果最好?
A:在 TBE 中效果最好。如果使用 TAE 100mL 胶中加 3-5 uL 本产品就可以。
Q: 为何电泳后前面部分(靠近正极)的胶呈白色,后面的胶呈黑色?
A: 本产品带正电,电泳时往上走,胶的黑色部分是染料上移后留下的无染料胶。本产
品在 TAE 中背景最强,可参考上个问题答案更换电泳液以降低背景值。
Q:用 SYBR 染色的 DNA 在电泳时为何容易发生条带模糊和扭曲现象?
A:SYBR 染料一般与 DNA 的小沟结合,但在常规电泳条件下该结合并不牢固,染料分
子可以在标记的和未标记的 DNA 分子之间转移,使 DNA 分子的泳动速度时快(无
染料结合时)时慢(有染料结合时),发生条带模糊和扭曲现象。嵌入型染料(如 EB
和本产品)与 DNA 结合牢固,则无此现象。
Q:核酸染料是否都有毒性?
A:核酸染料对动物和人的毒性由多方面决定。一是染料的膜通透性,EB 被归类为强诱
变剂是由于其分子量较小,容易进入细胞内。而 EB 二聚体 Ethidium Homodimer
(EthD)嵌入 DNA 的能力比 EB 强上千倍,但毒性很小,就是由于其分子比 EB
大,不能透过细胞膜,所以毒性反而更低。SYBR 系列染料虽然低毒,但由于一般
都溶于 DMSO(因为容易水解,不能使用水溶液做溶剂)中,所以如果溅到皮肤表
面,更容易进入皮肤。二是染料是否容易被人体降解。比如 EB 在体外就很难降解,
一旦进入体内能在人体内残留的时间可能比较长,增加了毒性;而 SYBR Green I
等染料(也能以嵌入方式与 DNA 结合)由于不稳定,比较容易自然降解,所以毒性
自然较低。三是降解产物是否有毒性,比如用很多方法(如强碱法)降解 EB 得到的
产物有的比 EB 毒性更大,而有的染料降解产物毒性却低很多,甚至无毒。四是染料
进入细胞核以后是否能跟 DNA 结合,很多实验结果显示即使 EB 染料也很难嵌入型
到染色体中,因为染色体中的 DNA 已经紧密地与各种组蛋白结合。五是细胞修复突
变的能力,正常人体都有很强的修复突变的能力,如修复日光中 UV 诱导的 DNA 突
变。总之,一种 DNA 染料的毒性强弱是多种因素综合的结果。
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