4-氨基-3,5-二溴吡啶,4-Amino-3,5-dibr

基于极性与非极性氨基酸的“二元组图” 进行蛋白质设计

8 6 ,  82 47-8251. 24. boge,  H.  ,  Bayne,  S.  ,  and Pedersen,  J.  (1 990)  In vivo processing of N-terminal methionine in E. coli. FEBSLett. 266,  1-3. 25. Tsunasawa,  S.  ’  Stewart,  J. W.  ’  and Sherman,  F.  ( 1 98 5 )  Amino-terminal 

应用末端截切、进化、再延长技术提高酶稳定性的方法

也被用来突破目前蛋白质合理设计的界限 [ 15， 16] 。 1.1 末端截切 由于蛋白质不同，其末端区域对于结构和功能完整性的贡献也有所不同。对有些蛋白质来说，剪切掉末端部分氨基酸并不影响其三维结构和构造稳定性。在这些结构中，其末端部分经常未被定义或是呈无规则卷曲状态。然而，另一些蛋白质对其末端缺失非常敏感。在这种情况下，其末端少数几个氨基酸的缺失就会导致其构象稳定性 极大地降低，从而形成松散结构 [17] ，使其对蛋白酶更加敏感或是更易聚集形成沉淀 [18] 。这种现象已分别在 RNA

采用计算方法的组合式蛋白质设计策略

方法，已得到 114 个残基的双核金属蛋白 [32] 和一个完整膜蛋白的可溶性变体 [33] 。其次，计算概率可用于引导对序列的搜索，已提出基于 Monte Carlo 的方法。在 Monte Carlo 轨道的每一点决定序列的接受或拒绝时，计算的氨基酸概率用作有倾向性的选择标准 [ 34 ] 。用这样的方法处理相关的氨基酸身份，但要付出用于搜索的计算运转开销， 如果有信息可用于搜索，开销可以减少。最后，概率性方法可以用来定量地指导蛋白质组合库的设计 [ 35 ]。 1.4 组合实验 组合