三、常见问题解答 1. 重测序对于样品有哪些要求? 答:1)DNA样品要求OD260/280在1.8-2.0之间,OD260/230大于1.0,浓度>30ng/μl, 总量>10μg,质检结果显示基因组DNA完整无降解,干冰或冰块运输。2)植物及动物组织样品总量大于0.5g,液氮运输。 而如今利用第二代测序技术平台,只需几个月就可以完成。 2. 重测序一般需要多少覆盖度? 答:重测序的覆盖度是由所测样品的物种以及不同的研究需求来决定的,对于一般的变异信息分析一般需要20×以上。 3. 对于重测序的结果怎样进行验证? 答:全基因组重测序一般能够发现SNP、SV、CNV、InDel等多种遗传变异信息,对于不同的变异类型,也有不同的验证方法。比如SNPs、小的 SVs以及小片段的InDel,可以通过PCR扩增、测序进行验证;对于CNV可通过Real-time PCR对存在拷贝数变异的片段进行扩增,然后根据CT值来估算不同个体的拷贝数变化。 |
四、相关文献 1. Lam H.M, Xu X, Liu X, et al. Resequencing of 31 wild and cultivated soybean genomes identifies patterns of genetic diversity and selection. Nature Genetics, 2010, 42: 1053-1061. 2. Xu X, Liu X, Ge S,et al. resequencing 50 accessions of cultivated and wild rice yields markers for identifying agronomically important genes. Nature Biotechnology, 2012, 30: 105-110. 3. Simon W. Baxter, John W. Davey, J. Spencer Johnston, et al. Linkage Mapping and Comparative Genomics Using Next-Generation RAD Sequencing of a Non-Model Organism. PLOS ONE, 2011, 6(4): e19315. 4. Li RQ, Li YR, Zheng HC, et al. Building the sequence map of the human pan-genome. Nature Biotechnology, 2010, 28(1): 57-63. |