3. 两个半胱氨酸二硫键联结的多肽的序列 2H (Ac-KCEALEGK LEALEG KLEAAEG K LEALEGK LEALEG ~N H2 和 Ac-ELAELKG E LAELKG E AAELKG ELAELKG E LAEC KG -NH2) 和 4H (ALEG K LEALEG -N H 2 m Ac-ELAELKG E LAELKG E L AEAKG E LAELKG E L A E C K O NH 2)。为显示 2H 和 4H 中两条链间的共价连接点,半胱氨酸用黑体示出,而规定寡聚态的 Ala 用下画线示出。
4. 鼠 COMP 蛋白的盘绕螺旋结构域(氨基酸 27~72) 序列(21 ):RE L Q E T N A A LQ D VR EL LRQQ VKE IT F L K N T VMECDACG。在鼠 COMP 的表达片段中,Gly 27 被 Met 所取代。
5. 研究基于多肽 A1 ( M R G SH H H H H H G SM A SGDLENE YAQLERE VRSLEDE AA ELE Q K VSRLKNE IE D L A E I GDLNNTSGIRRPAA K L N ) 。三氟亮氨酸和六氟亮氨酸的掺入以取代亮氨酸(黑体),通过在没有亮氨酸的培养液中加入三氟亮氨酸或六氟亮氨酸,用基因表达 [ 22,23] 。
6. 如注 2 所说明的,Kretsinger 等的研究系基于 GCN4-p1 多肽。他们将 C 端酰胺化,并报道了在第一个七元重复的 Asp 和 Lys 间插入 Set 的序列 [ 24 ] 。因为这一插入会移动七元重复,我们可以假定这是图中的一个错误。有下画线的 Asn ( 见注 2 ) 被变为 Asp 二氨基庚二酸(diaminopropionic acid) 及其一、二和三甲基化类似物。
7. 本节中,杂二聚体系从两个设计的盘绕螺旋库中选出:LibA : V A Q L # E #V K T L # A # § Y E L # S # V Q R L # E # V A Q L fq L ib B : V D E L # A # V D Q L # D # Y A L # T # V A Q L # K # V E K L,其中,# 表示 E 、Q 、K 和 R 的等摩尔混合, § 表示 V 和 N 的等摩尔混合[ 31] 。核心 a 位和 d 位的序列来自于GCN4 (见注 2 ),而 b 位、c 位和 f 位的序列(有下画线)来自 c-Jun ( R LEEK VILKQ NLA T AN M LR EQ VA Q L ) 和 c-Fos ( TTLQ E TLE Q E K Y A L Q T E IA N L L K E KSL) 的盘绕螺旋结构域。
8. GCN4-pVL 变体的序列是 ArR MKQ LED K VEELSK YH LEN E V A R L K K L V G E R ,其中 a 位和 d 位用黑体显示。用 # 表示的 12 位( d ) 或者是 Leu,或者是一个极性残基(N 、Q 、S 或 T ),用 § 表示的 16 位 ( a ) 或者是 Val,或者是一个极性残基 [ 25 ] 。
10. Ji 等使用了记为 N36 ( L 6 ) C 34 的猿猴免疫缺陷病毒 gp41 核心的重组模型, 其中的氨基端螺旋(N36 ) 构成中心的三聚盘绕螺旋,而羧基端螺旋(C34 ) 以反平行 的取向堆积到此盘绕螺旋三聚体的疏水凹槽中。N36 和 C34 被一短联结子分开(L6;参考文献 [ 34 ] ) 。在 N36 结构域中,极性核心残基(黑体 )突变为 lie : AG IVQ Q QQQ LLD V VKR Q Q EL LR LTVW G T K N L Q T R V T 。产生不溶聚集的 Q→I 突变用下画线标出。
11. 父辈多肽 Lac21 的序列是 Ac- ML A D S LM Q LAR Q VLESA- NH2 (见注 28)。有下画线的残基被突变为 E 或 K,以分别产生形成杂四聚的多肽 Lac21E 和 Lac21K [ 35 ] 。
12. APC-55 的序列:AAAS Y D Q L L K Q V E A L K M E N S N L R Q E L E D N S N H LTK L ET E ASN M KEV LKQLQGSI 和 anti-APC p1 的序列:MAA GDQLK V EA L YE NSNLRKL EDHL TKLTE IS N A K K M LKQ LYASI [36]。antiAPCp1 与 APC-55 相比较的核心变化用黑体标出;e 位 和 g 位的改变用下画线标示;为 增加稳定性、增加净电荷以便于纯化,以及为加入发色团的改变标为斜体。
13. 三条肽链是 T9 : Ac-R M KQ L E K K XEELLSK AQ Q LEKE A A Q L K K L V O NH2, T16:Ac-R MKQLEKK AEELLSK XQQLEKE A A Q L KKL VG- NH2, T23 : AR M KQ LEK K AEELLSK AQ Q LEKE XA Q L K K L VG-NH2 [37] 。在所有 3 个多肽中不相同的残基标为黑体,X 表示环己基丙氨酸残基。
14. 序列基于 Acid- pLL 和 Bas pLL,它们与 Acid-pl 和 Baspl ( 见注 1 ) 相同,但核心 Asn 突变为 Leu (也见3.2.1.2 小节;第 4 条)。对 BasepLL 的两个 L—K 突变(黑体)得到 BasepK: Ac -A Q L K K K L Q A L K K K K A Q L K W K K Q A L K K K L A Q ~NH2 [38]。
16. 研究基于设计的齐二聚盘绕螺旋 EK : A rCGALKL G A L A G A LC L G A L W LGALK- NH2。制造了 3 个盘绕螺旋突变体/其中
a. EK 中 5 个 e 位 Glu 残基(有下画线)被突变为 Gin 残基(QK 肽) ;
b. 5 个 g 位 Lys 残基(有下画线)被突变为 Gin 残基(EQ 肽)
c. 上两个变化的合并(QQ 肽)。
用双突变循环分析,计算了螺旋间离子吸引对盘绕螺旋稳定性的能量贡献 [41] 。
17. 父辈的卵黄原生成素结合蛋白 ER34 的序列: IT IR A A F L E K E N T A L R TV A E L K VGRC N I VSKYETR YG PL。有下画线的 e 和 g 残基在后来的多肽中被改变 [45 ] 。
18. 选择出的最成功的 WinZip- A 2Bl (见注 7 ) 由多肽界 L R E R V K T L R A Q N Y E L E S E V Q R L R QVAQLAS - NH2) 和 WinZip- B1 (Ac-STS VD ELQ AE VDQLQDE N Y A L K T K V A Q L R K K V E K L SE- N H 2) 组成 [8] 。
19. 研究基于设计 K - 肽 。E-肽:Ac-E L G ALE KE LG ALEKE LG ALEKE LG ALEKE LG ALEK - NH2; K- 肽:Ar-K L G ALK EK LG ALKEK L G ALK EK L G A L K E K L G A KE-NH2。16 位 和 19 位(黑体)被 变 为 Ala 以产生不同的 Leu-Ala 核心组合,2 位或 33 位(有下画线)被变为 Cys 以允许在平行或反平行态下有二硫桥 [52] 。
20. APH 的序列:MKQL LKQLK LQAIKQ LAQLQ W AQAJR K LA Q L K L A [ 55 ] 。空间匹配的核心残基 ( lie 和 Ala ) 用黑体显示;设计的 N 端谷酰胺和 C 端赖氨酸的库仑相互作用用下画线标出。且单 Arg 残基被放在 d 位(斜体),以启动二聚体生成。
21. 得到的多肽称为 Acid-al (Ac-AQ LEKE L Q AL E KE LAQLEW E N Q ALEKE LAQ - N H 2) 和 Base-al ( A c -A Q L K K K L Q AN KKK L A Q L K W K L Q A L K K K LAQ N H 2) [56]。相对于 Acid-pl 和 Base-pl ( 见注 1 ) 的改变用黑体标出。
22. 多肽 Acid-RdL ( Ac-AQ LEKE LQ ALEKE LAQREWE LQ ALE KE LAQ N H 2) 和 Base-EgL (Ac -A Q L K K K L Q A L K K E L A Q L K W K L Q A L K K K LAQ - N H 2) 是基于 Acid- a l 和 Baseal ( 见注21 ),设计的极性相互作用用黑体 [59] 。
23. 合成了 5 个带有 N 或 C 端 Cys 和核心 Ala 残基的不同的多肽。其中 3 个多肽 ( C2A 16、C33A 16和 C33A 1 9 ) 是基于七元重复 ALEG K LEALEG K LEALEG K L E A EG~NH2,并把 Cys 或者放在 2 位或者放在 33位(下画线标明),Ala 或者放在 16 位或者放在 19 位(黑体)。另外两个多肽(C33A 16 和 C33A19 ) 则基于七元重复 L A E L K G E : A c - E L A E L K G E L A E L K G E L A E L K G E LAELKG E LAEgKG ~ NH2,以 Cys 放在 33 位,而 Ala 或者放在 16 或者放在 19 为 [49] 。
24. 多肽 Acid-Kg (Ac-AQ LEKE L Q A L E K K LAQ LEW E N Q ALEKE LAQ - N H 2) 是基于 Acid -a l (见注 21) ,而多肽 BaseEg (Ac~AQLKKK LQ A N K K E L A Q L K W K L Q A L K K K LAQ - N H 2) 是基于 Base - al。变化用黑体标出。
25. 合成了具有下列序列的多肽:Ac~ (K L E A L E G ) - K - N H 2,并与羧酰胺甲基化的原肌球蛋白在 190 位的半胱氨酸(CM- 原肌球蛋白)比较。
26. 设计了一系列包含 9 个、12 个、16 个、19 个、23 个、26 个、30 个、33 个和 35 个氨基酸残基的多肤。其中 35 肽具有序列: Ac-E iealkae iealkae iealkae iealkae ieac ka- N H 2。较短的肽分别含有从 C 端算起的对应数量的氨基酸。
27. 这项研究使用肽 SucHDELERR IR ELEAR IK - N H 2 [ 64 ] 。Succ 指琥珀酰化的 N 端 。
28. 研究过的多肽是 Lac 21: Ac-M KQ LAD S LM Q LAR Q VSRLESA- N H 2,Lac 28: Ac-LM Q LAR Q MKQLADS LM Q LAR Q VSRLESA- N H 2 和 Lac 35:AcLM Q LAR Q LM Q L AR Q MKQLADS LM Q LAR Q VSRLESA- NH2 [ 65 ] 。
29. 研究系基于由具有序列 Ac- (E # §ALEK-NH2 的 E- 肽和具有序列 Ac- ( K # §ALEK-NH2 的 K-肽组成的E/K 杂二聚体。
30. 多肽序列是 Ac-g CGALQKQ VGALQIV G A L g K Q VG ALQ KQ VG AL Q K - N H 2。标了下画线的位置 1 、6 、15、2 0 和 3 4 被突变为 Gln [ 73 ]。
31. 此项研究使用重组的 GCN4-pMSE 肽 (MS VKELED K VEELLSK N Y H LE N E V A R L K K L V G E R ) 。戴帽模体用黑体标示,与 GCN4 -P 1 ( 见注 2 ) 相比较的突变用下画线标明。本研究中的其他多肽是 GCN4 -pSE,它缺少起始的甲硫氨酸和 GCN4 - p AA, 其中 GCN4-pSE 的 Ser 和 Glu 被突变为 Ala [77] 。GCN4 -pA A 的稳定性与 GCN4 - pi 可比,而 GCN4-pSE 和 GCN4-pMSE 变体比 GCN4-pAA 分别稳定了 0.5 kcal/mol 和1.2 kcal/mol。因而,末端 Met 残基的疏水贡献是 0.7 kcal/mol。
32. 为 GCN4 ( 见注 2 ) Aicd/Base 杂二聚体而设计的杂二聚盘绕螺旋 GABH 有酸性序列 A (Ac~E V K Q L E A E V E E # ESE # W H LEN E VAR LEKE NAECEA- N H 2) 和碱性序列 B (Ac~K V K Q L K A K V E E # KSK # W H L K N K V A R L K K K N AEC KAN H 2)[ 98] 。位置 d12 和 a16 ( # ) 被分别突变为 Val、lie 和 Leu,以生成多肽 All、Ail、Ali、BLl Blv。
33. 设计的序列是二聚的 R H 2 (Ac-AE IEQ LKK E §AYL IK K L K A E K L A E IK K L K Q E K A - N H 2) , H H ^ R H 3 (A c -A E # E Q # K K E IA Y L # K K # K A E IL A E #K K # K Q E IA - N H 2 ) 和四聚的 RH4 ( Ac-AE LEQ # K K E IA Y L L K K # K A E IL A EL K K # KQ E IA - N H 2)。十一元重复(a~k ) 的疏水残基(a、d 和 h ) 用黑体标明; § 标示正缬氨酸;#标示别异亮氨酸残基。