临床队列生信分析与细胞亚群鉴定
评估CD4+ T细胞亚群与ICI治疗反应的相关性,并鉴定与疗效相关的关键亚群。
使用CIBERSORTx反卷积分析IMvigor210和GSE176307队列,并进行生存分析、多变量Cox回归;对Daping队列1和公开数据集进行scRNA-seq,鉴定CD4+ T细胞亚群。
CCL5 hiCD4+ T Cells Regulate Macrophage Polarization and Promote Immunotherapy Response in Bladder Cancer
包含患者队列分析、单细胞测序、体外共培养、体内动物模型及功能验证,多个独立证据层级。
MB49小鼠膀胱癌模型 RAW264.7巨噬细胞系 患者肿瘤样本(包括40例MIBC队列) 单细胞测序数据集
CCL5hiCD4+ T细胞定义为CD25-CXCR6+CD4+ T细胞,通过流式分选 共培养体系:RAW264.7与T细胞比例1:5,24小时 体内实验:MB49细胞皮下注射8×10^5,肿瘤体积100-200 mm^3时开始治疗 CCL5hiCD4+ T细胞过继转移:1×10^5细胞瘤内注射,每5天一次 抗PD-1:10 mg/kg腹腔注射,每3天一次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估CD4+ T细胞亚群与ICI治疗反应的相关性,并鉴定与疗效相关的关键亚群。
使用CIBERSORTx反卷积分析IMvigor210和GSE176307队列,并进行生存分析、多变量Cox回归;对Daping队列1和公开数据集进行scRNA-seq,鉴定CD4+ T细胞亚群。
验证CCL5hiCD4+ T细胞与ICI治疗反应及生存期的关联,并确认其在小鼠模型中具备增强免疫治疗的作用。
分析CCL5hiCD4+ T细胞浸润与治疗反应的关系;多光谱免疫组化检测患者样本;小鼠MB49模型中过继转移CD25-CXCR6+CD4+ T细胞联合抗PD-1治疗,监测肿瘤体积。
探究CCL5hiCD4+ T细胞促进M1巨噬细胞极化的具体机制,验证CCL5/CCR1信号轴的作用。
通过SCENIC、CellChat、GSVA等生信分析预测机制;体外共培养RAW264.7与CCL5hiCD4+ T细胞,加入BX471或抗CCL5抗体;体内实验中给予BX471,检测M1/M2巨噬细胞比例及肿瘤生长。
验证CCR6hiCD4+ T细胞是CCL5hiCD4+ T细胞的前体,并证实其分化过程。
利用Monocle3进行拟时间分析;过继转移CD45.1+CD25-CCR6+CD4+ T细胞至CD45.2小鼠肿瘤内,追踪CCL5表达。
探究肿瘤来源的PGE2是否抑制CCR6hiCD4+ T细胞向CCL5hiCD4+ T细胞分化,从而减弱ICI疗效。
通过生信分析筛选肿瘤相关基因;构建COX2敲低MB49细胞株;体内外实验检测PGE2对T细胞分化的影响;给予celecoxib联合抗PD-1治疗,评估肿瘤生长和免疫指标。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11965092 |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞系鉴定 | TIANamp基因组DNA提取试剂盒 | -- | -- |
| Axygen基因组DNA提取试剂盒 | Axygen | -- | |
| 支原体检测 | PCR检测试剂盒 | Beyotime | C0301S |
| 药物处理 | BX471 | Selleck Chemicals | S7604 |
| 塞来昔布 | Selleck Chemicals | S1261 | |
| 前列腺素E2 | -- | -- | |
| 抗体中和 | 抗小鼠CCL5中和抗体 | BioXcel Therapeutics | BE0449 |
| 抗体处理 | 抗小鼠CD4单克隆抗体(体内用) | Selleck Chemicals | A2101 |
| 抗小鼠PD-1抗体 | Selleck Chemicals | A2122 | |
| 单细胞测序 | MACS组织保存液 | Miltenyi Biotec | -- |
| 单细胞解离 | I型胶原酶 | Worthington | -- |
| 脱氧核糖核酸酶I | Worthington | -- | |
| MACS死细胞去除试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- | |
| 单细胞测序 | Chromium单细胞3' V3试剂盒 | 10x Genomics | -- |
| Qubit高灵敏度DNA检测 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Bioanalyzer 2200生物分析仪 | Agilent | -- | |
| 多光谱免疫组化 | PhenoImager Fusion平台 | -- | -- |
| 流式分析 | 固定/破膜缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 00-5523-00 |
| 细胞转染 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 共培养实验 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| SIINFEKL肽 | GenScript | -- | |
| OVA323-339肽 | GenScript | -- | |
| 白细胞介素-2 | PeproTech | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | CWBIO | -- |
| 超纯RNA提取试剂盒 | CWBIO | CW0581M | |
| RT-qPCR | HiScript II Q逆转录预混液 | Vazyme | R222-01 |
| AceQ qPCR SYBR Green预混液 | Vazyme | Q111-02 | |
| 细胞分选 | CD4(TIL)磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-116-475 |
| 初始CD4+ T细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-104-453 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列 | 队列纳入标准、治疗方案(tislelizumab联合吉西他滨和顺铂)、治疗周期数、疗效评估标准 阅读提示:Materials and Methods: Human tissue samples |
| 动物模型 | 小鼠品系、年龄、性别、MB49细胞注射数量、肿瘤体积计算方法、肿瘤生长至100-200 mm³后开始治疗 阅读提示:Materials and Methods: Animals |
| 单细胞测序 | 组织解离酶浓度(1 mg/mL胶原酶I、0.5 mg/mL DNase I)、消化时间(45分钟)、细胞活性评估、上机细胞浓度(约1000细胞/µL) 阅读提示:Materials and Methods: Single-cell dissociation, Single-cell sequencing |
| 共培养实验 | RAW264.7与T细胞比例(1:5)、共培养时间(24小时)、Transwell孔径(0.4 μm)、BX471浓度(文中未明确说明)、抗CCL5抗体浓度(文中未明确说明) 阅读提示:Materials and Methods: Conditioned medium and coculture assays; Figure 3L-N |
| 体内药物处理 | 抗PD-1剂量(10 mg/kg,腹腔注射,每3天一次)、PGE2剂量(6 mg/kg,腹腔注射,隔日一次)、BX471剂量(50 mg/kg,腹腔注射,每日一次)、celecoxib剂量(60 mg/kg,腹腔注射,每日一次) 阅读提示:Materials and Methods: In vivo treatment and adoptive transfer; Figure 5N-O |