scRNAseq数据分析和L/R相互作用鉴定
鉴定肺微血管生态位中介导细胞间通讯的候选配体-受体对,并优先考虑来自肺泡成纤维细胞的潜在屏障保护信号。
对已发表的人类健康肺scRNAseq数据集(GSE164829)进行重新分析和注释,使用Connectome和NICHES计算流程分析微血管内皮细胞(aCap和gCap)与非内皮细胞间的L/R相互作用。随后通过免疫荧光染色和ELISA在蛋白水平验证了部分关键L/R对(如SLIT2-ROBO4、VEGFD-VEGFR2)的表达和分泌。
Vascular Endothelial Growth Factor-D Improves Lung Vascular Integrity During Acute Lung Injury
包含scRNAseq计算分析、体外细胞实验(ECIS、Transwell、Western blot)和体内动物模型(LPS诱导ALI)等多层级验证,并进行VEGFR2依赖性机制验证。
人肺微血管内皮细胞(HLMVEC) 人肺静脉内皮细胞(HPVEC) 人肺动脉内皮细胞(HPAEC) LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型(C57BL/6) VEGFR2iECKO小鼠
VEGF-D处理浓度:体外实验使用1 μg/mL(ECIS和Transwell),2 μg/mL(部分实验);体内实验使用225 μg/kg(重组小鼠VEGF-D蛋白,Bio-techne #469-VD-025/CF) LPS诱导ALI模型:雌性C57BL/6小鼠,7-8周龄,LPS剂量0.25 mg/kg气管内注射 VEGFR2抑制:使用siRNA敲低(Santa Cruz #sc-29318)或药理学抑制剂(SU5416、XL184、SU5614) VEGFR2iECKO小鼠:通过他莫昔芬诱导内皮细胞特异性VEGFR2敲除,处理5次(每隔一天一次) 关键检测终点:血管通透性(FITC-白蛋白、Evans blue)、BAL中WBC和PMN计数、肺组织学评分、炎症标志物(ICAM-1、IκBα、TNF-α、IL-6、KC)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定肺微血管生态位中介导细胞间通讯的候选配体-受体对,并优先考虑来自肺泡成纤维细胞的潜在屏障保护信号。
对已发表的人类健康肺scRNAseq数据集(GSE164829)进行重新分析和注释,使用Connectome和NICHES计算流程分析微血管内皮细胞(aCap和gCap)与非内皮细胞间的L/R相互作用。随后通过免疫荧光染色和ELISA在蛋白水平验证了部分关键L/R对(如SLIT2-ROBO4、VEGFD-VEGFR2)的表达和分泌。
评估候选配体(尤其是VEGF-D)对人肺微血管内皮细胞屏障功能的影响,并验证其对炎症因子诱导的屏障破坏的保护作用。
使用ECIS实时监测HLMVEC、HPVEC和HPAEC的跨内皮电阻;使用Transwell实验测量FITC-dextran的通透性;使用XperT实验可视化FITC-avidin的渗透;通过免疫荧光检测VE-Cadherin、ZO-1和F-actin的分布;通过Western blot检测p-MLC水平。
检测VEGF-D预处理对内皮细胞炎症反应的影响,并探讨其分子机制。
HLMVEC经VEGF-D预处理后,用TNF-α刺激,检测炎症相关基因(ICAM1、VCAM1、IL6、CXCL5、TNF、IL8)的表达,通过Western blot检测ICAM-1、IκBα、NF-κB蛋白水平,通过ELISA检测可溶性ICAM-1水平。
评估VEGF-D在LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型中对血管渗漏、炎症和肺损伤的保护作用。
通过气管内注射LPS建立ALI模型,随后静脉注射重组VEGF-D或生理盐水。通过FITC-白蛋白和Evans blue评估血管通透性,通过BAL计数WBC和PMN,通过组织学评分评估肺损伤,通过Western blot和ELISA检测炎症标志物。
验证VEGF-D的屏障保护和抗炎效应是否通过VEGFR2信号通路介导。
在体外,通过siRNA敲低或药理学抑制剂(SU5416、XL184、SU5614)阻断VEGFR2,检测VEGF-D对ECIS电阻、ICAM-1和IκBα表达的影响。在体内,使用VEGFR2iECKO小鼠,评估VEGF-D对LPS诱导的WBC计数和肺组织学评分的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 分子生物学试剂 | 骨形态发生蛋白5 | Novus Biologicals | 615-BMC-020 |
| 药物处理 | 血管内皮生长因子-D | Cayman Chemical | 32055 |
| 肾上腺髓质素 | Cayman Chemical | 24889 | |
| 血管生成素-1 | Novus Biologicals | 923-AN | |
| 肿瘤坏死因子-α | R&D Systems | 10291-TA | |
| Slit同源物2 | R&D Systems | 8616-SL | |
| CXC趋化因子配体6 | R&D Systems | 333-GC-025/CF | |
| 多效生长因子 | R&D Systems | 252-PL | |
| 信号素6D | R&D Systems | 2095-S6 | |
| 细胞培养 | 人肺微血管内皮细胞 | Lonza | CC-2527 |
| 人肺静脉内皮细胞 | Cell Biologics | H-6060 | |
| 人肺动脉内皮细胞 | Lonza | CC02530 | |
| 免疫荧光染色 | SLIT2抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-31133 |
| ROBO4抗体 | R&D Systems | AF2366 | |
| ADM抗体 | Bioss | BS-0007R | |
| RAMP2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-365240 | |
| BMP5抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-78878 | |
| BMPR2抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-15827 | |
| VEGFD抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-13300 | |
| VEGFR2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-6251 | |
| ITGA8抗体 | Novus Biologicals | AF4076 | |
| PRX抗体 | Novus Biologicals | NBP1-89598 | |
| VE-钙黏蛋白抗体 | Abcam | ab33168 | |
| ZO-1抗体 | Thermo Fisher Scientific | 40-2200 | |
| 罗丹明标记的鬼笔环肽 | Thermo Fisher Scientific | R415 | |
| DAPI | Thermo Fisher Scientific | 62248 | |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Qiagen | -- |
| cDNA合成 | cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| qRT-PCR | SYBR green引物 | IDT Technologies | -- |
| 实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| ELISA | SLIT2 ELISA试剂盒 | Novus Biologicals | NBP2-82455 |
| ADM ELISA试剂盒 | Novus Biologicals | NBP2-78738 | |
| BMP5 ELISA试剂盒 | Novus Biologicals | NBP2-69996 | |
| VEGFD ELISA试剂盒 | Novus Biologicals | NBP2-78890 | |
| 人ICAM-1 ELISA试剂盒 | R&D Systems | DY720 | |
| 透明微孔板 | R&D Systems | DY990 | |
| Spectra MAX iD5酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| ECIS | ECIS板 | -- | -- |
| L-半胱氨酸 | -- | -- | |
| 纤连蛋白 | -- | -- | |
| Transwell | Transwell小室 | -- | -- |
| FITC-葡聚糖 | Sigma-Aldrich | FD20S | |
| XperT | FITC-亲和素 | -- | -- |
| Western blot | 2x Laemmli上样缓冲液 | Bio-Rad | 1610737 |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| IκBα抗体 | Cell Signaling Technology | 4814 | |
| NF-κB p65抗体 | Cell Signaling Technology | 4764 | |
| 磷酸化肌球蛋白轻链2(Thr18/Ser19)抗体 | Cell Signaling Technology | 3674 | |
| VEGFR2抗体 | Cell Signaling Technology | 2479 | |
| 磷酸化VEGFR2(Tyr951)抗体 | Cell Signaling Technology | 2471 | |
| 磷酸化VEGFR2(Tyr1175)抗体 | Cell Signaling Technology | 2478 | |
| ICAM-1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8439 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-15739 | |
| SuperSignal West Pico PLUS化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | 34580 | |
| SuperSignal West Atto超灵敏底物 | Thermo Fisher Scientific | A38556 | |
| ChemiDoc XRS+成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| siRNA转染 | VEGFR2 siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-29318 |
| 对照siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-37007 | |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 13778075 | |
| 细胞培养 | VascuLife VEGF内皮培养基 | LifeLine | LL-0003 |
| 动物实验 | VEGFR2iECKO小鼠 | -- | -- |
| C57BL/6小鼠 | Jax Laboratory | 000664 | |
| 重组小鼠VEGF-D蛋白 | Bio-techne | 469-VD-025/CF | |
| 脂多糖 | -- | -- | |
| FITC标记的白蛋白 | -- | -- | |
| 伊文思蓝 | -- | -- | |
| BAL | BCA蛋白定量试剂盒 | Bio-Rad | 5000001 |
| 小鼠肺EC分离 | 胶原酶/分散酶 | Roche | -- |
| 羊抗大鼠IgG磁珠 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 大鼠抗小鼠CD31抗体 | BD Pharmingen | 557355 | |
| 大鼠抗小鼠ICAM2抗体 | BD Pharmingen | 553326 | |
| 共聚焦显微镜 | Leica SP5共聚焦显微镜 | Leica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| scRNAseq数据分析 | 数据集来源(GSE164829)、样本信息(68名健康成人,中位年龄50岁)、细胞类型注释标准、L/R筛选阈值(p_adjust < 1e-5,表达细胞比例 > 20%) 阅读提示:Methods 2.1和2.2,图1和图2图注 |
| 体外内皮细胞培养 | 细胞类型(HLMVEC、HPVEC、HPAEC)、来源(Lonza、Cell Biologics)、传代次数、培养基(VascuLife VEGF Endothelial Medium + 12.5% FBS + 1.5% Antibiotics/Antimycotics) 阅读提示:Methods 2.10,图3图注 |
| ECIS和Transwell实验 | ECIS板包被条件(L-cysteine、fibronectin)、细胞接种密度(50,000 cells/cm²)、配体处理浓度和时间、FITC-dextran分子量和浓度(20 kDa, 1 mg/mL)、炎性刺激条件(TNF-α 1 ng/mL 5h; IL-1β 5 ng/mL 5h; thrombin 10 U/mL 20min) 阅读提示:Methods 2.6和2.7,图3图注 |
| Western blot实验 | 细胞或组织裂解方法、凝胶浓度(8%、10%、12%)、抗体来源和货号、化学发光底物选择 阅读提示:Methods 2.9,图4和图6图注 |
| LPS诱导ALI动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6)、性别(雌性)、年龄(7-8周)、LPS剂量(0.25 mg/kg)、给药途径(气管内)、VEGF-D剂量(225 μg/kg)、给药途径(眶后静脉)、给药时间(LPS后30分钟)、检测时间点(LPS后18小时) 阅读提示:Methods 2.11,图5图注 |
| 血管通透性测定 | FITC-白蛋白剂量(10 mg/mL, 100 μL)、注射途径(眶后)、注射时间(处死前2小时)、Evans blue剂量(30 mg/kg)、注射途径(眶后)、注射时间(实验结束前2小时) 阅读提示:Methods 2.12,图5图注 |
| VEGFR2抑制剂/敲低实验 | 抑制剂名称和浓度(SU5416 5 μM、XL184、SU5614)、siRNA序列或货号、转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX)、转染时间 阅读提示:Methods 2.10,图6图注 |
| VEGFR2iECKO小鼠实验 | 小鼠基因型(VEGFR2fl/fl 与 Cdh5-cre/ERT2)、他莫昔芬注射方案(5次,每隔一天)、实验前等待时间(30-32天)、LPS和VEGF-D处理 阅读提示:Methods 2.14,图6图注 |