定向抹除非必要RNA，自由掌握RNA-seq结果

“我们在miRNA测序上遇到了难题，血液中存在一部分高丰度miRNA，这些对我的研究意义不大的miRNA占据全部miRNA的一半以上，因此极大限制了其他目标miRNA的检测和准确定量。”——Timothy Rajakumar^[1]

 

相信很多研究人员也在RNA-seq分析中遇到过类似的苦恼，关键信息被掩盖，仅进行rRNA去除仍无法揭示样本蕴含的全部信息。那么这些一般被认为是有效信息的mRNA、miRNA是否也可以被定向抹除呢？Timothy Rajakumar很快找到了解决方案。

 

“我们订制了miR-486-5p、miR-451a和miR-16-5p的封闭探针，成功将这三种miRNA排除在文库外，相比于封闭前的文库，测序数据中这三种miRNA的占比降低了99.96%，从而在既定测序深度下能够更准确的量化数量较少但潜在信息更丰富的miRNA。”
 

而这一技术便来自QIAGEN的“黑科技”QIAseq FastSelect。这一技术可将总RNA中非必要RNA“封闭”住，使其不能进行反转录、二链合成等反应，最终无法进入构建好的NGS文库，显著降低非必要RNA干扰，减少测序成本的同时降低数据分析难度并提高结果的准确性。整个过程完美融入反转录步骤中，无需任何操作以及额外纯化步骤，且这一方法不受起始样本量限制，低至单细胞裂解释放的RNA都可以进行非目标RNA去除操作。由于特殊的设计原理，QIAseq FastSelect不仅可以针对常规的rRNA和Globin mRNA进行去除，还可以针对任意RNA进行定制，不受目标RNA长度和物种的限制，真正实现了“哪里不要点哪里”。

 

其实这种定制方案很早就在QIAGEN产品中有所体现。在QIAseq miRNA Library Kit这一miRNA文库构建方案中，就融合了Y RNA和rRNA封闭探针，极大的提升了miRNA数据的占比。而这也体现了QIAseq FastSelect的另一大技术特点，那就是可以互相结合使用，对不同的目标RNA进行同时高效去除。

 

 

QIAseq FastSelect自上市以来，除了被广大客户用于各种物种的rRNA去除外，也成功帮助许多研究人员进行了tRNA、miRNA、mRNA等封闭探针的设计，并被应用于Ribo-seq、MeRIP-seq、DMS-seq等多种特殊的建库方案，想要了解更多相关信息，欢迎扫码观看这一技术的详细介绍，或点击文末 “阅读原文” 联系我们！

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参考文献

1. A blood-based miRNA signature with prognostic value for overall survival in advanced stage non-small cell lung cancer treated with immunotherapy [J]. npj Precision Oncology, 2022, 6(1):1-13.